一年戦争末期、地球連邦軍が新型ガンダムを開発しているという情報を掴んだジオン公国軍の特殊部隊「サイクロプス隊」は、機体を奪取すべく北極の連邦軍基地を襲撃するが作戦は失敗。目標物は宇宙へ飛び立ってしまう。
中立コロニー「サイド6」の「リボー」に住む小学生アルフレッド・イズルハ（アル）は、父との面会のため宇宙港を訪れる。同級生との約束で連邦軍のMSを探していたアルは、北極から運ばれてきたコンテナを撮影するが、MSを撮影できず落胆する。そんな中、幼馴染で隣人のクリスチーナ・マッケンジーと再会する。
コンテナには新型ガンダム「ガンダムNT-1」が積まれており、この情報を得たジオン軍はサイクロプス隊を送り込み、「ルビコン計画」を発動する。一方アルは、リボーに侵入したザク改が被弾してコロニー内の森に墜落するのを目撃し、現場でザクのパイロットであるバーナード・ワイズマン（バーニィ）と出会う。
アルは偶然にもサイクロプス隊の潜伏先に行きつき、隊長のハーディ・シュタイナーに仲間に誘われる。浮かれるアルはコンテナの捜索に協力し、バーニィと友情を深めていく。後にアルの情報提供でNT-1の存在が明らかになり、シュタイナーたちは基地潜入を試みるが失敗し、バーニィを残して壊滅。アルは次第に戦争の現実を痛感していく。
一方、生き残ったバーニィは核攻撃計画をアルに伝え、突き放すような態度を取る。しかし最終的に戦う決意を固めたバーニィは、NT-1を破壊して核攻撃を阻止しようとする。クリスマス当日、アルは核ミサイル攻撃が回避されたことを知り、バーニィを止めようとするが間に合わず、彼のザク改はNT-1との戦闘で大破、バーニィは命を落とす。NT-1を守ったのが幼馴染のクリスだったことを知るが、彼女にバーニィのことを伝えることはなかった。
新学期、クリスが地球への転任でリボーを去る中、アルは学校集会で戦争終結の知らせを聞き、感情が溢れ出して泣き崩れる。戦争の残酷さを知ったアルは、子どもとしての無邪気さを失いながらも大きく成長するのだった。
