本作在DC戰爭系列中相當於外傳，銷售目標也轉為年青人。因此一直只是以客軍身分參戰的原創作品《魔裝機神サイバスター》今作成為主人公，而既存的版權機器人作品則成為客軍參戰。今作的舞台是地底世界拉．基亞斯（ラ・ギアス），沒有地上世界和宇宙空間的戰鬥版面。本作故事背景、角色設定等，後來被整合成為另一遊戲魔裝機神。
超級機器人大戰系列首次可供玩家選擇、圍繞三位主角而開展、三條獨立但互相影響的故事線。全部皆為《魔裝機神サイバスター》的登場人物。分別為正樹（マサキ，《魔裝機神サイバスター》的主角）之章共27話、琉妮（リューネ，同作的女主角）之章共24話，以及愁（シュウ，正樹的宿敵）之章共16話，全話合計67話(連同沒有戰鬥的話數)。每章都會顯示難易度，難易度順序是正樹→琉璃→愁。而且隨著劇情推展，會影響各路線可選用角色。例如正樹篇與琉妮篇，故事至中段時可選用聖戰士丹拜因的戰艦「戈倫號」與「轟格號」其中一艘，選用後另一主角便只能使用餘下一艘戰艦。
原創機體
-
サイバスター
賽巴斯塔- 高度: 28.48 m
- 重量: 74.2 t
- 地底世界拉·基亞斯的神聖蘭格藍王國所開發的機體。受風之精靈賽菲絲的加護，有著「風之魔裝機神」的別稱。主動力為煉金術式永動機。為提高其輸出功率，需要操者(駕駛員)的靈氣。因此，機體力量會受操者的資質而有劇烈的影響。機體的氣密性極高，在水中及宇宙空間都可行動。內部也具備自我循環系統， 能保護操者的生理機能，進行長時間的行動。另外，將以太(不具備質量，在絕對座標保持靜止的能量)作為魔術的媒介運用在推進上。裝甲材質的奧利哈爾鋼合金，在金屬粒子上封上了有咒符效用，由數秘學為 準的幾何學圖案，也有優秀的對魔術防禦力。主電腦為拉普拉斯運算型，能計算因果率及預測各種事況。但是，此機能會依照操者自身的魔力所影響。而賽巴斯塔並不是真實的名稱，而是為避免魔術攻擊所用的守護名。
-
ヴァルシオーネ
瓦爾西翁妮- 高度: 24.6 m
- 重量: 39.7 t
-
グランゾン
格蘭森- 高度: 27.3 m
- 重量: 85.6 t
- DC（ディバイン・クルセイダーズ，神聖十字軍）所開發的對異星人戰鬥用AM。雖說是瓦爾西翁（ヴァルシオン）系列三號機，但在形狀和設計理念卻相差甚大的情形下，仍給予了DCAM-00這個開發編號。開發者和操縱者同為擔任DC日本支部總帥的白河愁（シュウ・シラカワ）。動力源為白河愁以源自當時內藏於隕石三內來自於侵略者（エアロゲイター）的EOT、黑洞引擎作基礎所開發製造的。再加上白河愁在驅動程式中的內部中祕密組成的祕法暗號「卡巴拉系統」（カバラ・プログラム、Cabala Program）可做到隨意抓取出精靈界能量（アストラルエネルギー，Astral Energy）。由於他有搭載T-LINK系統因此可光憑由白河愁的腦波就可做到遠距離的遙控。使用的裝甲為打從素粒子階段就開始強化的超抗力鈦元素（超抗力チタニウム）。在火力比機動性更為重視的情況下，火力被強化到非常可怕的地步，機動性被削減下之後呈現的是在裝甲的防禦能力很高。
另外，在假定駕駛員的能力能跟上機體的狀態下，理論上可對65535個目標同時攻擊。雖說他有能在短時間內飛行的能力，但為了補足機動力的不足，通常裝載著巡航用的飛行機具。這架號稱花了DC總預算2／3的超高性能機，原設計群的其中一人艾力克·王（エリック・ワン）曾說過「若是駕駛員有超越人類的能力的話，格蘭森應該能在一天內毀滅全世界的戰力吧。」由於開發資料是繼承了SRX計畫中R系列的資料，因此他也有著「R-0」的開發型式編碼。此機體所搭載的縮退砲現階段為試作版，實用版本只有在他以「新·格蘭森」（ネオ・グランゾン）姿態時才能使用。但這武器也得在之後施予強化改造才能夠成為新·格蘭森的最強武器。
格蘭森（グランゾン，Granzon）為希臘語為「戒律」的意思
-
ガッデス
加帝斯- 高度: 28.48 m
- 重量: 55.1 t
- 由水之精靈加德（ガッド）擔任守護精靈的魔裝機神，駕駛員是裘蒂。泛用性高但攻擊力弱。手中持有的武器三叉戟具備能強化魔術增幅度的特殊奧利哈爾剛元素合金加工處理，以此為媒介而成為具備強大威力的魔術兵器。擔任魔裝機神設計核心的知名藝術家金尼‧拉亞斯‧拉卡（ジーン・ラアス・ラッカー）在加帝斯的開發上特別投注心血，優美的裝甲線條就是由金尼自己設計的。
-
グランヴェール
格蘭威爾- 高度: 24.48 m
- 重量: 72.8 t
- 由火之精靈格蘭巴（グランバ）擔任守護精靈的魔裝機神，駕駛員是炎龍。具備 4 架魔裝機神中數一數二的高攻擊力，但是相對來說防禦力也很低。為了控制受格蘭巴影響而過度活躍的機體內熱素（カロリック），因此備配有專門設計的熱素循環機關「熱素循環機（カロリック・リサイクラー）」。該機關可將剩餘的熱素轉化為驅動機體的能源，因而賦予格蘭威爾極高的出力。
-
ザムジード
札姆吉德- 高度: 28.48 m
- 重量: 79 t
- 由大地之精靈札姆裘（ザムージュ）擔任守護精靈的魔裝機神。相較於其他魔裝機神來說機動力較差，不過防禦力較高。此外，還具備自我再生的能力。左腕裝備有振動產生裝置，當直擊對手機體時可以讓驅動裝置暫時陷入鎖定狀態，打擊大地時可以運用共鳴現象引發地震。武器艙的容量夠大，足以配備 3 組守護精靈。首任駕駛員是利卡爾多（リカルド），之後由澪接手駕駛。
