一年戰爭末期，吉翁軍特殊部隊「獨眼巨人」(Cyclops)查知地球聯邦軍正著手開發新型的鋼彈，為了奪取該機體而襲擊北極的聯邦軍基地，但任務失敗，目標被送上宇宙。後來經由偶然得手的情報，得知新型鋼彈已被運往中立的太空殖民地Side6的吉翁軍再度派遣獨眼巨人隊潛入 Side6，並企圖奪取。
