機動戦士ガンダムF91

大きな戦乱もなく平和な世界。人類はその大半が地球から月までの軌道に設置されたスペースコロニーに移住し、地球連邦政府という国家の枠組みを超えた全地球規模の組織に統治されていた。

しかし、長引く平和の間に敵対勢力がいなくなった地球連邦政府は腐敗の一途をたどり、政府は地球に住む民間人を摘発し、宇宙へ締め出していた。政府高官は特権階級の専横により当然のように地球に住み続け、地球環境は悪化する一方であった。

これに対し、ブッホ・コンツェルンの総帥マイッツァー・ロナは「人の上に立つべき者は、人々の規範となるような高貴な精神を持つ者でなければならない」とする思想「コスモ貴族主義」を掲げ、堕落の温床となる既得権益を排除した能力重視の階級制度によって社会を立て直すため、地球連邦政府の打倒を画策。秘密裏に軍事組織クロスボーン・バンガード（C・V）を設立していた。

宇宙世紀0123年3月、ロナ家一族の鉄仮面、ドレル・ロナに率いられた武装集団は、フロンティアサイドの新興スペースコロニー「フロンティアIV」を急襲。連邦軍のMS部隊は迎撃するがまるで歯が立たず、戦火を拡大させるだけであった。

街を覆う戦火と混乱、容赦ない死の中で、フロンティア学園の生徒シーブック・アノーと妹のリィズは、友人たちとともにシェルターへ避難しようとする。ガンタンクR-44に乗り込み逃走の末コロニーを脱出するが、同行していた一人、セシリー・フェアチャイルドはC・Vに連れ去られてしまう。セシリーの素顔は、マイッツァーの生き別れの孫娘ベラ・ロナだった。

シーブックたちは近隣のコロニー「フロンティアI」にたどり着き、地球連邦軍の宇宙練習艦スペース・アークに保護される。艦内にはガンダムF91と名付けられた整備中のMSがあった。

一方、C・Vに占領されたフロンティアIVでは、「コスモ貴族主義」の実現のための国家「コスモ・バビロニア」の建国が宣言され、セシリーはその象徴として祭り上げられることになる。

そして、F91に乗って反攻するシーブックと、専用MSビギナ・ギナを与えられたセシリーは、戦場で対峙する。