在這個沒有大規模戰爭的和平時代,人類大多數已經遷移至環繞地球至月球軌道的太空殖民地,這些殖民地由超越國家界線的全球組織——地球聯邦政府所統治。
然而,經歷長期的和平後,隨著外部敵對勢力的消失,地球聯邦政府逐漸走向腐敗。政府開始對地球上的平民施壓,將他們邊緣化,甚至驅逐至宇宙。與此同時,聯邦高層則依靠特權繼續享受地球上的生活,卻放任地球環境惡化。面對這樣的局勢,布荷康采恩集團的領袖——麥茲亞·羅納,提出了「宇宙貴族主義」的思想,主張:「身居高位者必須擁有高貴的精神,成為眾人的典範。」他計劃剷除腐敗的既得利益者,建立一個以能力為核心的階級制度,重塑社會秩序。為了實現這一理想,他秘密籌建了一支名為「骷髏尖兵」的軍事組織,並開始策劃推翻地球聯邦政府。
宇宙世紀0123年3月,羅納家族的鐵假面與德雷爾·羅納率領「骷髏尖兵」突襲了新興太空殖民地——「邊境IV」。面對來勢洶洶的攻擊,聯邦軍雖然派出機動戰士部隊應戰,但完全無力招架,只能任由戰火蔓延。在這場戰亂與混亂之中,「邊境IV」的學院學生——西布克·阿諾,與妹妹莉絲及一群朋友試圖避難。他們登上鋼坦克R-44逃離戰場,最終成功撤離殖民地。然而,同行的賽西莉·菲亞查德卻不幸被「骷髏尖兵」擄走。
此時,賽西莉的真正身份也隨之揭曉——她其實是麥茲亞·羅納失散多年的孫女,本名貝拉·羅納。在「骷髏尖兵」占領「邊境IV」後,他們宣布建立新的國家——「宇宙巴比倫」,並將貝拉·羅納推舉為國家的象徵,以實現宇宙貴族主義的理想。
與此同時,西布克一行人抵達了附近的殖民地「邊境I」,並受到駐紮於此的地球聯邦軍太空訓練艦「太空方舟」的庇護。在艦內,他們發現了一台尚在維修中的新型機動戰士——鋼彈F91。在妹妹莉絲的協助下,F91順利完成整備,而西布克則駕駛這台機體,對抗來襲的「骷髏尖兵」部隊。
另一方面,賽西莉則駕駛著「骷髏尖兵」旗下的專用機動戰士,與西布克於戰場上狹路相逢。經過激烈交戰,西布克成功說服賽西莉回歸,兩人攜手突破「邊境I」的重圍,最終聯手擊敗「骷髏尖兵」的領袖——鐵假面,粉碎了其野心。