宇宙世紀0088年、グリプス戦役で地球連邦軍が創設したエリート部隊「ティターンズ」は事実上壊滅。しかし、エゥーゴも大半のパイロットが戦死し、有力な指揮官クワトロ・バジーナ大尉は行方不明、エースパイロットのカミーユ・ビダンも精神崩壊に陥り、深刻な戦力不足に悩まされていた。
そんな中、三つ巴の決戦から一時手を引き、高みの見物をしていたハマーン・カーン率いるジオン公国残党組織アクシズは、ネオ・ジオンと名を変え、地球圏の制覇に乗り出す。
グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの戦艦アーガマは、修理と補給のためサイド1のシャングリラに寄港。そこでジャンク屋稼業をしている主人公ジュドー・アーシタとその仲間たちは、前大戦で活躍した英雄機Ζガンダムを奪って一儲けしようと企むが、それがきっかけでエゥーゴと関わりを持つことになり、一員としてネオ・ジオンと戦うことになる。
ひょんなことからΖガンダムに搭乗することになったジュドーは、仲間たちとともにガンダム・チームを結成し、チーム1のエースパイロットとして勇敢に戦っていく。その途中、乗機をΖガンダムからエゥーゴの最新鋭MSであるΖΖガンダムに乗り換え、修理を終えて配備されたガンダムMk-IIや百式とともにネオ・ジオンを圧倒していく。
そんな中、ハマーンはダブリンにコロニー落としを敢行。ネオ・ジオンの力を誇示するとともに、地球連邦政府にサイド3の旧ジオン領の譲渡を認めさせることに成功する。
しかし、ハマーンの配下であるグレミー・トトが「ザビ家の真の継承者」を名乗り、ミネバ・ラオ・ザビを傀儡にしているハマーンを打倒せんと謀反を起こし、戦局は大混乱となる。正規軍と反乱軍の主だった戦力は相打ちとなる形で壊滅し、グレミーも戦死。そして、ジュドーとハマーンの最後の一騎討ちが始まる。
