一年戦争が終結し、7年の月日が流れた宇宙世紀0087年。ジオン公国軍に実質的勝利を収めた地球連邦軍だったが、依然としてジオン公国軍残党による連邦軍への抵抗は続いていた。連邦軍のジャミトフ・ハイマン准将（のち大将）は、ジオン残党の脅威を大義名分として、連邦軍内部にジオン残党狩りを目的とする特殊部隊「ティターンズ」を結成する。ティターンズはジオン残党のみならず、コロニーの反地球連邦運動に対しても強硬策を採り、ティターンズのバスク・オム大佐は、反連邦集会を行っていたサイド1の30バンチコロニーに対して毒ガス使用による住民虐殺（30バンチ事件）を行い、情報統制により事実を隠蔽する。こうした動きに対し、連邦軍のブレックス・フォーラ准将は、ティターンズに反感を抱く連邦軍士官や兵士を中心に反地球連邦組織「エゥーゴ」を結成。アナハイムエレクトロニクス社を中心とする月面都市フォン・ブラウンの軍事産業から新造戦艦アーガマを提供されるなど資金と物資面での援助を受ける。
小惑星アクシズから地球圏偵察のため帰還し、連邦軍籍を得て潜入中のシャア・アズナブルはクワトロ・バジーナ大尉を詐称しエゥーゴに参加していた。
ティターンズはコロニー再建化計画において新たに整備されたサイド7グリーン・ノアを軍事拠点化しようと目論み、連邦軍の象徴たるガンダムの後継機開発計画を極秘に行っていた。かつてアムロ・レイらホワイトベース隊のメンバーたちが暮らしていたコロニーはグリーン・ノア1グリーン･オアシスとして再建されていた。そこに本作の主人公となるカミーユ・ビダンが幼馴染みのファ・ユイリィと共に暮らしていた。カミーユの両親は新型ガンダム開発計画に技術者として参加していたが、カミーユは父の不倫と、仕事にかまけて夫の素行を見て見ぬふりをする母に悩む鬱屈した少年だった。カミーユは尊敬するブライト・ノアに会うためファと共に宇宙港を訪れるがそこでティターンズの新米士官ジェリド・メサと遭遇。名前を馬鹿にされ激高したカミーユはジェリドへの暴行容疑で逮捕されるが、飛行訓練中だったガンダムMk-IIの墜落を機に基地を抜け出す。一方、軍事基地偵察の任務を負ったシャアは因縁深きコロニーに単身潜入を試みる。Mk-IIの存在を知ったシャアは機体の奪取を決意、部下2人とともにリック・ディアスで再び侵入する。混乱に乗じたカミーユはブライトとティターンズの女性士官エマ・シーンの制止を振り切り、高圧的なMPへの意趣返しのためMk-IIを奪取。さらにジェリドを心配したカクリコン・カクーラーの機体をも組み伏せる。Mk-IIのパイロットが自分たちと敵対する意志がないと判断したシャアはカミーユと二機のMk-IIを手土産にグリーンオアシスを脱出。こうして、ガンダム強奪事件を皮切りにエゥーゴとティターンズは全面抗争に突入するのだった。
Mk-II奪還のため卑劣な策を弄するバスクによりカミーユは両親を喪い、ティターンズへの反感と敵意を強めたカミーユは自らの意志でMk-IIの専任パイロットとなる。Mk-II奪還作戦に関わったエマはティターンズの非道に憤りエゥーゴへ離反。民間船テンプテーションの艦長という閑職に甘んじていたブライトもアーガマ隊に窮地を救われてエゥーゴに参加し、ヘンケンからの禅譲によりアーガマ艦長に就任。シャアは月で受領した新型機百式に乗り換え、ジャブロー降下作戦の指揮を任せられる。
一方、木星帰りの男・パプテマス・シロッコは降下作戦妨害の功でティターンズに参加。ジャミトフに忠誠を誓い一翼を担うようになっていく。また、小惑星アクシズと共に地球圏に帰還を果たしたハマーン・カーンはミネバ・ザビを傀儡に据え、彼女の摂政として辣腕を振るう。エゥーゴとティターンズの抗争に第三極として介入し、両陣営を手玉に取る。
こうして、自身の名声と過去との因縁に何度となく辛酸を舐め、凶弾に斃れたブレックスの後継者として自らの出自を明かし一軍の長となり苦悩を深めるシャア、人造ニュータイプである強化人間たちとの出会いや数々の悲劇を通じてニュータイプとして覚醒を遂げ、新型機Ζガンダムを与えられたカミーユ、謀略の数々により着々と手駒を増やし、やがてジャミトフの暗殺によってティターンズを掌握するシロッコ、シャアへの失恋を糧にジオン再興を目論むハマーンの4人を軸とし、コロニーレーザー・グリプス2をめぐりエゥーゴ、ティターンズ、アクシズ三つ巴の死闘が展開されるのだった。
