宇宙世紀0133年、コスモ・バビロニア建国戦争が終結して以降、大きな戦乱もなく平和な時代。そんな中、木星圏付近ではガンダムに似たモビルスーツ（MS）を利用して海賊行為を働く集団が出没していた。
地球圏（コロニー）生まれの少年トビア・アロナクスは、惑星間航行船スマシオンに乗り、木星の教官カラスの案内のもと、留学生として木星へ向かっていた。途中、中継ステーションで追われていた少女ベルナデット・ブリエットと出会うが、その時、宇宙海賊の襲撃を受ける。防衛部隊が苦戦する中、トビアは残されていたMSバタラで出撃するが、髑髏と骨のレリーフを持つ特異なガンダムタイプMS（クロスボーン・ガンダムX1）の圧倒的な性能の前に撃破される。
命拾いしてスマシオン号へ戻ったトビアは、船内に隠されていた地球へ運搬中の大量の毒ガスを偶然発見。木星工作員として正体を現したカラスに追い詰められ絶体絶命となるが、海賊軍パイロットのキンケドゥ・ナウの加勢により救われる。
宇宙海賊の正体とは、かつてコスモ・バビロニアの象徴とされたベラ・ロナ（セシリー・フェアチャイルド）が、木星帝国の地球侵攻の野望を阻止するために再びクロスボーン・バンガードの名を借りて結成した私兵部隊（宇宙海賊クロスボーン・バンガード）であり、トビアを助けたキンケドゥの正体は、コスモ・バビロニア建国戦争でレジスタンスのパイロットとして多大な戦果を挙げたシーブック・アノーその人であった。彼らの口から真実を知ったトビアは、ベルナデットと共に海賊軍に合流し、木星帝国と戦う道を選ぶ。
しかし、戦いの中でベルナデットの正体が木星帝国総統クラックス・ドゥガチの娘、テテニス・ドゥガチであることが明らかとなる。さらに、コスモ貴族主義の復興を密かに狙っていたザビーネ・シャルが海賊軍から離反し、海賊軍の主力MSクロスボーン・ガンダムに対抗した木星帝国の特殊MS部隊「死の旋風隊（デス・ゲイルズ）」が登場するなど、戦いは激しさと混迷を極めていく。
