宇宙世紀0088年，在格里普斯戰役中成立的地球聯邦軍菁英部隊「迪坦斯（ティターンズ）」實質上已被殲滅。然而，反抗組織幽谷（エゥーゴ）方面也損失慘重，多數駕駛員戰死，優秀的指揮官克瓦特羅·巴吉納大尉（クワトロ・バジーナ）亦下落不明，王牌駕駛卡密兒·維丹（カミーユ・ビダン）更因精神崩潰無法再戰，導致幽谷深陷戰力不足的窘境。
就在此時，原先對三方混戰抱持觀望態度的哈曼·坎恩（ハマーン・カーン）率領吉翁公國殘黨組織「阿克西斯（アクシズ）」改組為「新吉翁（ネオ・ジオン）」，正式展開地球圈的統一行動。
因應格里普斯戰役後的損耗，幽谷的戰艦「阿卡瑪（アーガマ）」為了修復與補給而停靠在Side 1的香格里拉殖民地。在當地從事拾荒維生的主角傑特·亞希達（ジュドー・アーシタ）與其夥伴，原本打算偷走前戰中活躍的英雄機體Z鋼彈（Ζガンダム）轉賣圖利，卻因此與奧古扯上關係，最終成為其一員，投身與新吉翁的戰鬥。
傑特因緣際會駕駛上Z鋼彈，與夥伴們組成「鋼彈小隊（ガンダム・チーム）」，作為主力王牌英勇奮戰。其後，他從Z鋼彈轉乘上幽谷最新鋭的MS──ZZ鋼彈（ΖΖガンダム），並與完成修復重新配備的鋼彈Mk-II與百式一同壓制新吉翁的攻勢。
然而，哈曼為彰顯新吉翁的力量，對地球城市「都柏林（ダブリン）」發動殖民地落下作戰，並藉此迫使地球聯邦政府承認將Side 3的舊吉翁領土轉讓給新吉翁。
就在此時，哈曼的部下葛雷米·托托（グレミー・トト）自稱為「薩比家真正的繼承者」，起兵反叛，意圖推翻將米妮瓦·拉歐·薩比（ミネバ・ラオ・ザビ）當作傀儡的哈曼。內部叛亂導致新吉翁軍陷入大混戰，正規軍與叛軍主力幾乎同歸於盡，葛雷米亦在戰鬥中戰死。
最終，傑特與哈曼之間展開最後的一對一決戰——決定地球圈命運的生死對決正式揭開序幕。
