- Work新世紀エヴァンゲリオン
- Height40 m
- Weight700 t
- Pilot鈴原トウジ
アダムを基に製作された機体で、米国NERV第1支部で開発された。頭部以外のデザインは弐号機と同一であり、頭部は角がないことを除けば初号機に似ている。プラモデルの説明書にあるラフスケッチでは、初号機の後頭部にある部分と似た構造も描かれている。
この機体は米国支部から日本本部へ移送中、積乱雲に潜んでいたとされる第13使徒バルディエルに寄生される。その後、松代で起動実験中に使徒として覚醒し、第3新東京市へ向けて行動を開始。零号機と弐号機を行動不能に追い込むが、ダミープラグにより暴走した初号機との戦闘の末、原形をとどめないほどに破壊される。最後には、搭乗者であるトウジが閉じ込められたエントリープラグが、初号機によって握り潰される。
トウジのその後については媒体によって異なり、テレビシリーズでは左脚を切断する重傷を負うにとどまるが、漫画版では死亡する。これは、テレビシリーズのプロデューサーである大月俊倫が「どんな内容でも構わないが、子供が死ぬようなアニメは見たくない」という要望を出していたことに由来している。
なお、大月は放送から2年が経過した1997年になっても3号機の登場シーンを視聴しておらず、その存在も把握していなかった。新宿で行われた打ち上げの際、バンダイから発売されたプラモデルシリーズに見慣れない「黒いエヴァンゲリオン（＝3号機）」があることに気付き、「誰が許可したんだ、こんなもの」「なんで、こんなのあるんだ」「メーカーが勝手にこんなん作りおって」と激怒したという逸話もある。
ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では、特定の条件を満たすことでトウジが3号機のパイロットとして登場し、使徒に寄生されず最後まで運用されることもある。また、シナリオによっては開始時点から3号機のパイロットである場合もある。NINTENDO64版ではゲームモードによって使用が可能。スーパーロボット大戦シリーズでも登場し、イベントによってはバルディエルを浄化して正式運用されることもある。なお、シリーズ初登場である『スーパーロボット大戦F完結編』では、敵キャラクターとして登場している。
プラモデル（LMHGシリーズ）では、使徒に侵食される前の3号機と、侵食後の第13使徒バルディエル版の両方が発売されており、腕パーツや一部パーツを除いて共通の仕様となっている。
