宇宙世紀0093年，自從上次的格里普斯戰役以來，曾經失蹤的前吉翁公國王牌駕駛員夏亞·阿茲納布爾（原名卡斯巴爾·雷姆·戴昆），也就是吉翁共和國創始人吉翁·茲姆·戴昆之子，經歷了多場戰鬥後，依然對持續控制地球移民的地球聯邦政府感到不滿，因此他率領新吉翁組織發動了反叛行動。
新吉翁計劃將小行星月神5號撞向地球聯邦政府位於西藏拉薩的基地。雖然前吉翁的宿敵，包括阿姆羅·雷在內的聯邦軍外圍部隊隆德·貝爾奮力抵抗，但他們仍未能阻止月神5號的墜落。
新吉翁秘密地與地球政府高層，如阿德納瓦·帕拉亞等人進行秘密交易，並在太空殖民地朗德尼昂達成了停戰協議。儘管地球聯邦對停戰感到放心，但此時的夏亞卻再次開始了以將通過這場交易獲得的小行星阿克西斯撞擊地球為目標的行動。
隆德·貝爾意識到協議是假的，於是準備了核飛彈，並在新吉翁試圖將阿克西斯撞擊地球的行動中展開戰鬥。阿姆羅駕駛著他親自參與開發的新型機動戰士ν鋼彈，準備與夏亞展開最終對決。雖然核飛彈襲擊被擊退，但隆德·貝爾的計劃似乎成功了，他們從阿克西斯內部引爆炸彈以改變其墜落軌道，但阿克西斯的一部分仍被地球引力牽引。
就在巨大的岩石即將撞擊地球之際，阿姆羅戰勝了夏亞，並抓住了從機動戰士薩薩比中逃脫出來的夏亞。在試圖用單架ν鋼彈將阿克西斯推回時，阿姆羅、夏亞和人們的心意以及鋼彈上搭載的賽可謬框架產生了共鳴，化為耀眼的光芒，使阿克西斯的墜落軌道偏離了地球。
