故事的舞台設定於未來世界，距離人類開始向宇宙殖民地移民已經過去半個多世紀的宇宙世紀0079年。殖民地「Side 3」自稱為吉翁公國，向地球聯邦政府發起獨立戰爭。儘管國力相差懸殊，吉翁憑藉「機動戰士（モビルスーツ）」的導入以及殖民地落下等創新戰術，一度取得優勢，導致雙方約半數人口死於戰爭。
開戰半年後，戰爭陷入膠著狀態。被稱為「紅色彗星」的吉翁少校夏亞·阿茲納布爾（シャア・アズナブル）追蹤地球聯邦軍的新型戰艦「白色基地（ホワイトベース）」，來到建設中的中立殖民地「Side 7」。在這裡，聯邦軍正極秘進行著旨在扭轉戰局的「V作戰」，該計畫的核心便是新型機動戰士的研製。夏亞派遣薩克（ザク）機動戰士潛入Side 7進行偵察。入侵殖民地的兩台薩克發現了聯邦軍的機動戰士製造設施，然而，由於新兵貪功冒進，引發了偶然的戰鬥。
聯邦軍技術人員、機動戰士開發者提姆·雷（テム・レイ）的兒子阿姆羅·雷（アムロ・レイ），在戰鬥混亂中登上了聯邦軍的新型機動戰士鋼彈（ガンダム）。憑藉手中的操作手冊，阿姆羅艱難地擊毀了兩台薩克。然而，由於薩克搭載的核融合引擎爆炸，殖民地受到嚴重破壞，倖存的Side 7居民成為了難民。白色基地在戰鬥中失去了大部分正規船員，艦長巴奧羅（パオロ）也身受重傷。無奈之下，年輕的新任軍官布萊特·諾亞（ブライト・ノア）被任命為代理艦長。白色基地一邊回收新型機動戰士，一邊收容難民，並從他們之中招募必要的人員操作戰艦和應對敵襲。白色基地成功逃離Side 7，阿姆羅也在混亂中被任命為鋼彈的駕駛員。然而，夏亞執著的追擊使得滿目瘡痍的白色基地偏離航線，最終在聯邦軍總部賈布羅（ジャブロー）之外，降落於吉翁占領區——北美大陸。
這部作品的核心，是描繪少年少女們在戰爭極限環境中的成長故事。他們在穿梭激戰戰場的過程中，與宿敵夏亞及其他形形色色的人們相遇、告別，並在經歷一次次戰鬥與困難的同時，逐漸克服內心創傷，成長為更加堅強的人物。尤其是阿姆羅的成長，他從一個普通少年變成了戰場上崛起的駕駛員，並最終覺醒為「新人類（ニュータイプ）」。
此外，故事中還交織著複雜的家族與命運糾葛。例如，吉翁·德肯（ジオン・ズム・ダイクン）的遺孤卡斯巴爾，為了向篡奪家族權力的薩比家復仇，而化名為夏亞；以及在Side 7被捲入戰爭，後來成為白色基地通訊員（後為駕駛員）的雪拉·瑪斯（セイラ・マス），她的真實身份是卡斯巴爾的妹妹阿爾黛西亞。這對兄妹在戰火中展開了彼此的情感糾葛。
故事的另一條主線，則是阿姆羅與拉拉·蘇（ララァ・スン）以及夏亞之間的三角關係。拉拉是命運般與阿姆羅相遇並心靈相通的女性，但她最終選擇保護夏亞而犧牲，令阿姆羅心痛不已。而失去摯愛拉拉的夏亞，也因此實現遲來的新人類覺醒，進而挑戰阿姆羅與鋼彈，成為他最強大的宿敵。
這部作品描繪了戰爭的殘酷、命運的糾葛以及人性的成長，是一部充滿深度與張力的經典戰爭故事。
