C.E.75年、デスティニープランの阻止から約1年後、地球では小国の独立紛争やコーディネイター排斥団体「ブルーコスモス」によるテロ活動が続いていた。これを鎮静化するため、中立国オーブ連合首長国、地球連合主要国の大西洋連邦、そしてプラントが共同で世界平和監視機構「コンパス」を創設。初代総裁ラクス・クラインのもと、キラ・ヤマト、シン・アスカ、ルナマリア・ホーク、アグネス・ギーベンラートらが各地の紛争に介入していた。
この状況下、ザフトの支援でユーラシア連邦から独立した新興王政国家ファウンデーション王国が、ブルーコスモス残党軍打倒のための共同作戦を提案。女王アウラ・マハ・ハイバルや宰相オルフェ・ラム・タオの歓迎を受け、近衛師団長シュラ・サーペンタイン率いる親衛隊ブラックナイトスコードと共闘することとなる。しかし、作戦中にブラックナイツからの精神侵食を受けたキラは、ユーラシア領に侵入。これにより戦火は拡大し、ブラックナイツが発射した戦術核ミサイルでファウンデーション領内は甚大な被害を受ける。さらに、アークエンジェルもブラックナイツの攻撃で破壊される。
アウラの真の目的は、アコードを支配層とするデスティニープランの再開であった。彼女はラクスを連れ去り、宇宙に脱出。月面の元地球連合軍基地ダイダロスを占拠し、軌道間全方位戦略砲「レクイエム」を使用して各国にデスティニープランの導入を迫る。さらに、ザフト反乱軍がプラント本国でクーデターを引き起こしていた。
機体・艦を失いながらも、アスラン・ザラの救助でオーブに潜伏していたキラたちは、アスランからアウラたちの真の目的を聞かされる。彼らはオーブに逃げ延びた母艦ミレニアムに改修されたストライクフリーダムガンダム弐式、デスティニーガンダムSpec II、インパルスガンダムSpec II、インフィニットジャスティスガンダム弐式を載せ、ファウンデーションとの決戦に臨む。キラはミレニアムからファウンデーション側に通信を繋ぎ、自身の生存とファウンデーションによる偽装工作の証拠を伝える。これに憤慨したアウラは、レクイエムの照準をミレニアムに変更するが、ミレニアムは砲撃を回避して宇宙に進出する。
アルテミス基地に捕らわれているラクス救出に際し、アスランが代行操縦するストライクフリーダム弐式が敵を陽動するタイミングに合わせて、キラが潜入。敵の迎撃をかいくぐりラクスを救出し、二人は愛を確かめ合う。
それぞれ、かつての愛機に乗り換えたキラ、アスラン、シン、ルナマリアは、ブラックナイトスコードやアグネスと激突。キラのストライクフリーダム弐式とラクスが乗る支援機プラウドディフェンダーが合体したマイティーストライクフリーダムガンダムがカルラを打ち破り、シンのデスティニーSpec IIによる狙撃でレクイエムも破壊される。また、プラント本国のクーデターも、イザーク・ジュールとディアッカ・エルスマンらの働きで鎮圧される。
戦闘後、キラとラクスはオーブの孤島の海岸に降り立ち、マイティーストライクフリーダムガンダムの傍らで二人きりとなって口づけを交わす。ラクスの言葉で物語は幕を閉じる。
