C.E.75年，由主張地球至上主義與宇宙殖民地獨立的激進分子所組成的「藍色宇宙」發起了獨立運動。為了平息這場風波，地球聯邦（大西洋聯邦）、P.L.A.N.T.以及奧布共同合作，由奧布首長卡嘉莉·由拉·阿斯哈推動設立以拉克絲·克萊因為首任總裁的世界和平監察組織「羅盤」。該組織成員多為歷經兩次大戰的倖存者，煌·大和與其戰友亦以「羅盤」成員的身分活躍於各地戰線。
在此時，一個新興勢力「基金國」出現，主動提議與「羅盤」聯手攻打藍色宇宙的總部。
這個於電影中首次登場的「基金國」，由年輕世代的領袖帶領，雖然積極邀請「羅盤」合作行動，但外界普遍認為他們擁有與P.L.A.N.T.不相上下的科技實力，且有推動「命運計劃」的野心。
「基金國」是從地球聯合成員之一——歐亞聯邦中分離出來的新興國家。他們提出要與「羅盤」聯手鎮壓從歐亞聯邦邊境滲透的藍色宇宙游擊隊。在接受女王奧菈·瑪哈·海貝爾與宰相歐爾菲·拉姆·陶的歡迎後，煌·大和等人與由近衛師團團長修拉·薩潘塔因所率領的親衛隊「黑騎士隊」並肩作戰。不過，煌·大和在黑騎士隊的戰術干擾下精神受到侵蝕，為了追擊敵方指揮官而擅自闖入歐亞聯邦領空，違反了事先協議。隨即歐亞聯邦軍發動迎擊，戰火迅速擴大。
就在混戰中，「基金國」趁亂襲擊歐亞聯邦的軍事基地並發射戰術核彈，導致自身國土也遭受重大損害。而煌·大和這一連串的暴走行徑，使得「羅盤」的國際信譽遭受打擊，甚至成為被追討的對象。煌·大和搭乘的「攻擊自由鋼彈」、真·飛鳥駕駛的「不朽正義鋼彈」，與戰艦「大天使號」都在黑騎士隊的猛烈攻勢下遭受重創。所幸在危急關頭，阿斯蘭·薩拉駕駛「紅茲寇克」及時趕到，將他們救出。
女王奧菈·瑪哈·海貝爾之後開始抹黑「羅盤」，聲稱他們的真正目的是推動以超越調整者的新種族「協調者」為統治階層的命運計劃。她與歐爾菲等人假扮成流亡者潛逃至太空，還帶走拉克絲·克萊因，意圖營造出拉克絲主動脫離「羅盤」的假象。此同時，他們與激進派札夫特叛軍密謀發動政變，佔領聯合軍位於月球的戴達羅斯基地，並啟用被修復的戰略兵器——全領域軌道砲「安魂曲」，以此威脅歐亞聯邦首都莫斯科，逼迫各國接受命運計劃，否則將展開無差別攻擊。
煌·大和等人從阿斯蘭口中得知基金國的真正目的後，與另一艘羅盤母艦「千禧年號」會合，並在奧布完成機體升級準備迎戰。他們搭乘經改良的「攻擊自由鋼彈貳式」、「命運鋼彈 SpecⅡ」、「脈衝鋼彈 SpecⅡ」，以及奧布象徵機體「曉」、阿斯蘭的「紅茲寇克」等機體，展開突擊行動。在避開安魂曲炮擊的同時突破敵軍防線，阿斯蘭駕駛「紅茲寇克」發動佯攻，煌·大和則成功潛入宇宙要塞阿爾特米斯，救出被囚的拉克絲。
另一方面，伊薩克·焦耳與迪安卡·艾斯曼將議員們帶至「永恆號」避難，並駕駛MS支援「千禧年號」鎮壓札夫特內部的叛軍。
戰局進入白熱化階段，煌、阿斯蘭、真與露娜瑪莉亞各自換上經典機體再度出擊。基金國方面，歐爾菲與秘書英格莉特·特拉德爾駕駛黑騎士隊的主力機「迦樓羅」，修拉則駕駛「破壞神」，其他成員駕駛「暴風神」系列，加上背叛羅盤的艾格妮絲·吉本拉特所駕駛的「吉昂激流」，展開猛烈攻勢。關鍵時刻，阿斯蘭再次為煌擋下致命攻擊，並啟動藏在紅茲寇克內的「無限正義鋼彈二式」。
隨後，煌·大和駕駛的攻擊自由鋼彈貳式與拉克絲駕駛的支援機「榮耀捍衛者」合體為「全能攻擊自由鋼彈」，擊敗黑騎士隊的核心機「迦樓羅」。在「千禧年號」猛烈炮擊下，敵艦幾近全毀，奧菈·瑪哈·海貝爾臨終前欲再次向奧布發射安魂曲，但被真·飛鳥駕駛的「曉」新裝備成功阻止。
雖然基金國的陰謀已被瓦解，戰火卻仍未完全熄滅。然而，煌、拉克絲與他們的夥伴們終於迎來一段短暫卻得來不易的和平。
