前作的恐龍帝國在巴武藏壯烈的特攻下終於土崩瓦解，但一個新的邪惡勢力——百鬼帝國卻出現在了地面上，它們是擁有超高科技的神秘有角人種，在布萊大帝的統帥下開始了其征服世界的野心計畫；在此同時，剛剛從恐龍帝國毀滅性的打擊中重建恢復的新早乙女研究所也研製出了新的蓋特機器人G；就在大家為其三號機波賽頓的駕駛員人選煩惱之際，淺間學員一個名叫車弁慶的棒球手進入了眾人的視野……
