地球聯邦軍經歷多場戰役後，整體戰力大幅削弱，再加上高層在一年戰爭結束後開始出現嚴重腐敗現象，導致這股風氣長期蔓延。隨著戰爭不斷延續，地球環境也遭受嚴重污染，迫使人類開始逐步遷移至宇宙殖民地尋求新的生活空間。
到了U.C.0140年，在「殖民地主義」思潮興起的背景下，各大宇宙殖民地紛紛為了爭取自治權而建立獨立勢力，逐漸脫離地球聯邦軍的統治，正式引爆了宇宙戰國時代。其中，Side 2在女政治家瑪莉亞·阿摩尼亞的帶領下積極參政，並於U.C.0150年成立了贊斯卡爾帝國。帝國推行所謂的「瑪莉亞主義」，一方面獲得殖民地居民的支持，另一方面卻實行極端的恐怖政治——「斷頭台主義」，以武力侵略和壓制其他宇宙殖民地，進一步擴張勢力。
在擴張計畫下，贊斯卡爾帝國以建立新秩序為名，向地球聯邦軍正式宣戰。到了U.C.0153年，帝國的地球侵略部隊——貝斯帕開始展開侵略行動，首先攻佔歐洲多座城市，並將其作為侵略地球的重要據點。為了對抗贊斯卡爾帝國的入侵，由前地球聯邦軍士兵、亞納海姆公司成員以及各地民間組織組成的神聖軍事同盟迅速崛起，並在歐洲各城市展開零星抵抗。同時，他們也利用「鋼彈」的名氣，在不同據點開發新型機動戰士——V鋼彈，試圖以先進的機體技術抵禦贊斯卡爾帝國的攻擊。
本故事主角胡索·艾溫在卡沙雷利亞使用滑翔傘飛行時，意外遭遇到贊斯卡爾帝國的新型試作機動戰士。混亂之中，他意外登上了這台新型機體，從此被捲入了贊斯卡爾帝國與神聖軍事同盟之間的激烈戰爭。
