人類が宇宙へと進出し、その拠点として火星での開拓作業が進められる中、破嵐創造博士は宇宙環境に適応するための宇宙進出用サイボーグを生み出していた。
しかし、博士の飽くなき実験と研究は暴走し、ついには自らの妻と息子をもサイボーグに改造してしまう。やがて、博士によってサイボーグ化された者たちは、自分たちが人類よりも優れていると信じ込むようになり、暴走。自らを**「メガノイド」**と名乗り、すべての人類をメガノイドに変えるべく反乱を起こした。
博士の息子である破嵐万丈は、メガノイドの実験台とされた母と兄の犠牲と計らいによって、巨大ロボットダイターン3と大量の金塊を奪取し、地球への脱出に成功する。
地球に戻った万丈は、その金塊を元手にシン・ザ・シティに拠点を構え、執事のギャリソン時田、パートナーのビューティフル・タチバナと共に、メガノイドの人類支配を阻止するために立ち上がる。さらに、元インターポールの三条レイカ、わんぱく少年**トッポ（戸田突太）**も仲間に加わり、万丈たちは人類の未来を守るためにメガノイドとの戦いに挑む。
