駿河湾の港町に住む札付きの少年、神勝平は、ライバルの香月真吾との果たし合いの最中、謎の巨大な怪物に襲われる。それは、謎の宇宙人「ガイゾック」が放った殺戮ロボット兵器「メカ・ブースト」だった。
襲撃の最中、勝平は家族が「宝探し」と称して海底を探索していた理由を知る。実は勝平たちは、ガイゾックに母星ビアルを滅ぼされ、地球に移住したビアル星人の生き残りの子孫だったのだ。ついに地球までガイゾックの魔の手が迫る中、神ファミリーは、先祖が遺した3つの基地が1つに集結して完成する要塞「キング・ビアル」と、3つのメカが合体して誕生する巨大ロボット「ザンボット3」でガイゾックに立ち向かう。
しかし、ザンボット3とメカ・ブーストの戦いによって日本は焦土と化し、地球人たちはガイゾックよりも神ファミリーを恐れ、忌み嫌うようになる。だが、神ファミリーが必死にガイゾックと戦う姿を見て、次第に地球人も彼らの意図を理解し始める。そんな中、ガイゾックは陰惨な人間爆弾作戦を開始し、神ファミリーと地球人をさらなる恐怖と絶望に陥れる。
ついに決戦の火蓋が切られ、宇宙を舞台に神ファミリーとガイゾックが激突する。神ファミリーの犠牲のもと、勝平はガイゾック本体に到達し、その実体であるコンピューターから衝撃的な真実を聞かされる。それでも、これまでの戦いが無駄でなかったことを信じた勝平は、残された家族の捨て身の作戦によって辛くも地球に生還する。
最後に勝平を迎えたのは、かつて神ファミリーを忌み嫌っていた多くの地球人たちだった。
