宇宙開発が始まり、宇宙コロニーの建設が進められるようになった年を「アフターコロニー（A.C.）」歴の1年と定め、人類は太空に進出しました。しかし、地球と宇宙の間で発生する紛争や疾病、技術的な問題により、L1で最初のコロニーが完成するまでに1世紀もの時間を要しました。この間、地上での紛争が原因で宇宙への移民が増加し、人口の流出に伴い、地上の各国は徐々に衰退の兆しを見せ始めました。このため、地球上の各国家は地球圏統一連合を設立し、コロニーの影響力に対抗しようとしました。
A.C.165年、連合とコロニー間の対立を調停するための機関が発足し、ヒイロ・ユイがその代表に選出されました。彼は非暴力・非武装の完全平和主義を掲げ、「宇宙の心宣言」を提唱しました。この思想は一部のコロニーや地球上でも支持を受けましたが、A.C.175年、ヒイロ・ユイは暗殺されてしまいます。彼の死はコロニーに混乱をもたらし、地球圏統一連合はスペシャルズ（後のOZ）のMS部隊を派遣してコロニーを鎮圧しました。地上でも、ヒイロ・ユイの思想に賛同したサンクキングダムなどの国々が連合の武力によって蹂躙されました。
連合軍はその後も圧倒的な軍事力で各コロニーを支配し、宇宙機雷によってコロニー間の通信を遮断する時期が続きました。
A.C.195年、地球圏統一連合の支配に反発する一部のコロニー住民による地下組織が「オペレーション・メテオ」を発動します。これは、流星に偽装した5機のモビルスーツ（MS）「ガンダム」をパイロットと共に地球に降下させ、破壊活動を行うという計画でした。しかし、この作戦は事前に「M作戦」として連合およびOZに察知されていました。このため、工作員の一人であるヒイロ・ユイが操縦するガンダムは地球への降下中にOZの攻撃輸送機との戦闘で海に落下し、その後リリーナ・ドーリアンと出会うことになります。また、他の工作員たち、デュオ・マックスウェル、トロワ・バートン、カトル・ラバーバ・ウィナー、張五飛もそれぞれ地球に降下し、ガンダムパイロット同士や様々な人々と出会いながら、時代を動かしていくことになります。
5機のガンダムとそのパイロットたちは地上に降り立つと、連合の中で暗躍するOZの施設を次々と破壊し、その存在を示威しました。しかし、ガンダムの単機行動には限界がありました。OZは情報戦を駆使し、偽情報を流して連合内の軍縮論者を一掃した後、「オペレーション・デイブレイク」を発動させ、全世界で連合に対する反乱を成功させました。
OZはガンダムパイロットたちに対し、コロニーを人質に取って降伏を迫りますが、ヒイロはガンダムを渡すことを拒否し、自爆を選びます。その後、OZは武力による恫喝ではなく、協調性を強調する懐柔策を用いて次々とコロニーを味方につけ、ガンダムとそのパイロットたちは「人類の敵」として追い詰められることになります。しかし、彼らはそれぞれの信念を貫き、戦い続ける決意を固めます。
一方、宇宙に残った連合の残党は、OZが開発した無人兵器モビルドールに圧倒されていきます。OZとそれを支援するロームフェラ財団は、有人MSに代わるモビルドールによって地球圏の支配を目論みますが、OZ総帥トレーズ・クシュリナーダは、人間が戦うべきだという独自の美学を持っており、財団と対立して幽閉されます。この内紛により、戦火はさらに拡大します。
最終的に、コロニーの武装勢力「ホワイトファング」が蜂起し、かつてゼクス・マーキスを名乗っていたミリアルド・ピースクラフトを指導者に据え、真の「オペレーション・メテオ」を実行しようとします。それは、大型コロニー（X-18999）を地球に落下させ、混乱を引き起こすことで地球をガンダムで制圧しようという計画でした。しかし、ガンダムを設計した5人の科学者たちはこれに反対し、大量虐殺を拒否するために計画を変更します。
一度は歴史の舞台から退いたトレーズが世界国家元首に就任し、地球上の軍事力を統一してホワイトファングとの戦いに挑みます。5人のガンダムパイロットたちはそれぞれの信念に基づいて戦い続け、5人の科学者たちもまた、地球に落下する巨大戦艦リーブラの軌道を変えるために命を賭けます。最終的に、ヒイロの一撃がリーブラの最後の破片を破壊し、戦争の終結をもたらします。
