日本人・安藤正樹（マサキ・アンドー）は、魔装機の操者として地底世界ラ・ギアスに存在する神聖ラングラン王国に召喚された。当初は見知らぬ世界に戸惑っていたものの、ラ・ギアスのために力を貸してほしいと求められ、魔装機操者としての道を歩み始める。やがて発生したサイバスター強奪事件を通じて、マサキは風の魔装機神・サイバスターの正統な操者として認められることとなる。
その功績が評価され、マサキはラングランの伝説的英雄・ランドールの名を与えられ、剣皇ゼオルートとその娘プレシアの家族として迎え入れられる。仲間の魔装機操者たちやラ・ギアスの人々との交流を通じて、マサキは精神的にも成長し、次第にこの世界に自分の居場所を見出していく。
ある日、サイバスターが単独で地上との往復が可能であることを知ったマサキは、わずかに残る故郷への思いから地上へと向かう。そこで、謎めいた存在シュウ・シラカワ（白河愁）と出会う。彼が操るグランゾンに不穏なものを感じながらも、マサキは再びラングランへと帰還する。
しかしその後、シュウは「クリストフ」と名を変えてラ・ギアスに現れ、ラングランに対して宣戦布告。激しい戦闘の中で、ゼオルートが命を落とす。マサキは仇を討とうとグランゾンに挑むも苦戦を強いられるが、魔装機神操者として精神的な成長を遂げたことで、風の精霊サイフィスと同調し、奇跡的に「憑依（ポゼッション）」を発動。グランゾンを退けることに成功する。
その後、ラングラン王都はルオゾールの陽動によりラセツ率いるシュテドニアス軍の襲撃を受け、壊滅状態に。王都へ急行したマサキだったが間に合わず、そこには破壊された街並みが広がっていた。現れたシュウは「私ではない、と言ったところで、あなたは納得しないでしょうね。あなたには事実より真実の方が大切なようですから」と意味深な言葉を残し、地上へと姿を消す。
その後、重傷を負ったウェンディからの話により、シュウが全ての事件の黒幕ではない可能性が浮かび上がる。王都の防衛に失敗し、仲間とはぐれたマサキは、グランヴェールの操者・ヤンロン、リカルドを失ったガッデスの操者・テュッティと再会。ラングランの再建を2人に託し、マサキは再びシュウを追って地上へと旅立つ。
