本作の舞台は『Ζガンダム』の終盤から『ガンダムΖΖ』の序盤、グリプス戦役末期の宇宙世紀0088年1月25日から同年4月5日。後にペズンの反乱と呼称される事件である。
小惑星基地ペズンに駐留する地球連邦軍教導団の中で、ティターンズ寄りの地球至上主義(アースノイド主義)の思想を持つ青年将校たちが、ニューディサイズを標榜して武装決起しぺズンを制圧。シャア・アズナブルによるダカール宣言以後エゥーゴ寄りの姿勢となった地球連邦政府に反旗を翻した。
対する連邦政府は、グリプス戦役終結時に大多数の戦力を温存していたネオ・ジオンとの衝突を前に早急に連邦軍内部の意思統一を図る必要があり、ニューディサイズはそのための最大の障害であると判断して討伐隊を派遣することを決定する。しかしネオ・ジオンとの戦いを前に大兵力を投入する訳にはいかず、アーガマ級新造巡洋艦ペガサスIIIとSガンダム・FAZZ・ΖプラスといったガンダムタイプのMSを中心とする少数精鋭(実体はニューディサイズの戦意喪失を期待した張子の虎)のα任務部隊が宇宙に送り込まれた。
そして激戦の果て、α任務部隊はペズンを制圧する。だが増援兼討伐隊本隊として派遣されていたブライアン・エイノー提督率いるX分遣艦隊がニューディサイズに寝返り、さらに親アースノイド派の月面都市エアーズが街を上げてニューディサイズに加担。戦力差は逆転し、戦局は混迷の度合いを深めていく。