第一部
1996年、人類は地球を飛び出し火星へ進出したが、アメリカとソ連の冷戦は火星にも拡大していた。同年10月3日、国連主催のコズミック・カルチャー・クラブ(宇宙体験教室)に選ばれた16名の少年少女たちと引率のエリザベス・クレブリーは、火星に到着。しかし突如現れた四機の人型機動兵器(SPT)のうち三機の攻撃を受け、窮地に陥る。
彼らを救ったのは、青いSPTレイズナーに搭乗する少年、アルバトロ・ナル・エイジ・アスカだった。彼は地球人とグラドス人の混血であり、グラドス星の軍事侵攻によって地球が狙われていることを警告するために来たのだった。
生き延びたエリザベスと5人の生徒たちは当初、エイジに猜疑心や敵意を抱いていたが、グラドス軍の執拗な追撃から逃れる中で次第に心を開き、彼を「エイジ」と名前で呼ぶようになっていった。そして彼らはエイジのシャトルで火星を脱出し、地球への帰還を目指す苦難の旅へと出発する。
ようやく地球へ帰還したものの、エイジは拘束され、エリザベスと生徒たちも取り調べのために留め置かれる。その間にグラドス軍の大規模な艦隊が地球に接近し、ついに攻撃を開始。地球も総力戦で迎え撃つが、ことごとく撃退されてしまう。
窮地に陥った地球側は、最後の希望としてエイジたちを解放。米ソの戦闘機に護衛されながら、彼らはシャトルで宇宙へと飛び立つ。シャトルの中で、エイジたちは決死の覚悟を新たにし、出撃したレイズナーはV-MAXを発動。蒼い流星となって、グラドス軍の旗艦めがけて軍勢の中を翔け抜けていった。
第二部
それから3年後の1999年、地球はグラドス軍に占領・支配され、自然や都市は荒廃。地球独自の文化は迫害されていた。
かつての5人の少年少女たちは、それぞれ異なる道を歩み、グラドスの協力者になった者とレジスタンス側に分かれ、それぞれの立場で戦い続けていた。
そんな中、死んだと思われていたエイジが、レイズナーとともに帰還する。