平和な町・青空町に住む青空小学校4年1組の霧隠虎太郎は、400年以上続く霧隠流忍者の跡取り息子。しかし、忍者修行を嫌い、今日も修行を抜け出して遊びに行こうとするが、父・藤兵衛と親子喧嘩に発展する。ところが、藤兵衛が誤って投げた爆弾が、全宇宙の支配を目論む大魔界の暗黒魔王ゴクアークを封印していた大岩を破壊してしまう。
蘇ったゴクアークは人間界を大魔界に変えようとするが、地球を守る光の戦士エルドランが身を挺してゴクアークを再封印。しかし、ゴクアークは封印される寸前に、闇の魔導士・ヤミノリウスIII世を人間界へ送り込むことに成功する。
そんな中、学校帰りに偶然巨大ロボット・ガンバルガーを発見した虎太郎と、友達の風祭鷹介、流崎力哉の3人は、エルドランの願いによってガンバースーツを授かり、超能力を身につけたスーパーヒーロー「ミラクル忍者・ガンバーチーム」となる。そして否応なしに、ヤミノリウスが大魔界から召喚する魔界獣との戦いに巻き込まれていく。
しかし、ヤミノリウスの呪いにより「誰かに正体がバレると犬になる」宿命を背負わされてしまう。こうして、呪いで犬になってしまった藤兵衛（ゴン）を協力者に、小学生と秘密のヒーローの二重生活を送ることになる。
さらに、近所のブタネコに奪われていた霧隠家のご先祖様が残した巻物には、大魔界の秘密と、ゴクアークの兄弟である二大魔王の封印を解く方法が記されていた。巻物を巡る争奪戦の末、ゴクアーク、レツアーク、サイアークの三大魔王が蘇ってしまう。
