2001年、国際社会に巧妙に根を下ろし、全世界を掌握せんとする悪の秘密結社ドクーガ。その野望に立ち向かうべく、謎の男サバラスに率いられたグッドサンダー部隊が挑む。 彼らが乗り込む移動要塞「グッドサンダー」は、謎のエネルギー「ビムラー」を動力源とし、最大1万kmの距離を瞬間移動できる能力を持つ。しかし、ドクーガもまた「ビムラー」を狙っていた。
