2030年、千葉県逃尾市。
町工場「オオタキファクトリー」で「何でも屋」として働く有川ユンは、人が住んでいないはずの洋館に何かの気配を感じ、調査に向かうこととなる。
一方、空想生物を研究する大学院生・神野銘は、旧嗣野地区管理局、通称「ミサキオク」で受信された謎の信号を調べるために現地を訪れていた。
まったく別の目的で、まったく異なる場所にいた見ず知らずの二人。しかし、彼らはそれぞれの場所で同じ不思議な歌を耳にする。
その歌が二人を結びつけ、やがて世界を巻き込む想像を超えた戦いへと導いていく。
孤高の科学者が遺した謎、各地に現れる怪獣たち、そして紅に染まる世界――
果たして二人は、人類に迫る避けがたい未来〈ゴジラ〉に立ち向かい、それを覆すことができるのか。