西元2030年,舞台為千葉縣逃尾市。
經營萬事通町工廠「大滝工廠」的有川潤(有川ユン),因為有人通報某棟理應無人居住的洋館中出現可疑動靜,便前往展開調查。
同時,研究虛構生物的研究生神野銘則是前往舊嗣野地區管理局——通稱「岬奧(ミサキオク)」——調查從該地接收到的神秘訊號。
兩人互不相識,也分別為了完全不同的理由、來到完全不同的地點,卻不約而同地在各自所在的地方聽見了同一首歌。
這首歌連結起兩人,並引領他們捲入一場席捲全球的、難以想像的戰鬥之中。
孤高科學家留下的謎團、在世界各地出現的怪獸,以及被染成赤紅的世界——
面對名為〈哥吉拉(ゴジラ)〉的人類無法抗衡的未來,兩人是否真的能扭轉命運?