宇宙世紀0153年、地球圏を統治していた地球連邦政府は形骸化し、宇宙に存在する各サイドは連邦政府の統制を離れ、独自の道を歩み始めていた。各地で紛争が勃発し、宇宙戦国時代に突入していく。
その中でも、サイド2のコロニー・アメリアでは、ギロチンによる恐怖政治と、女王マリア・ピァ・アーモニアによる救済思想マリア主義が民衆の支持を集め、ザンスカール帝国として独立を宣言。サイド2の多くのコロニーを併合した後、地球への侵攻を開始し、帝国軍ベスパの地上部隊イエロージャケットを派遣。ヨーロッパの都市ラゲーンを拠点に影響力を拡大していく。
一方、弱体化した連邦政府に見切りをつけた人々は、民間抵抗組織リガ・ミリティアを結成し、独自に高性能MS（モビルスーツ）の開発を進めていた。
ヨーロッパのポイント・カサレリアでパラグライダーを操っていた13歳の少年ウッソ・エヴィンは、イエロージャケットのMSシャッコーとリガ・ミリティアの戦闘機との戦闘に巻き込まれる。生き延びるため、ウッソはシャッコーのパイロットクロノクル・アシャーを撃退し、MSを奪取。その後、初恋の少女カテジナ・ルースを救うためイエロージャケットと戦い、勝利を収める。
その戦いぶりを見たリガ・ミリティアは、反攻のシンボルとして開発したヴィクトリーガンダムのパイロットとしてウッソを迎え入れる。ウッソもまた、幼馴染のシャクティ・カリンらを守るため、ザンスカール帝国の侵攻に立ち向かう。
過酷な戦場の中で天才的なセンスを発揮し、生き延びていくウッソは、行方不明だった両親がリガ・ミリティアの中枢で活動していることを知り、仲間たちと共に宇宙へ上がる。さらに、シャクティが女王マリアの娘であること、そしてクロノクルに惹かれたカテジナがベスパのパイロットとしてウッソに敵対する事実に直面しながらも、仲間を守るために戦い続ける。
ウッソは母が開発した最新鋭MSV2ガンダムを受け取り、その光の翼でリガ・ミリティアを勝利へと導いていく。
その後、ウッソの父ハンゲルグ・エヴィンの尽力により、地球連邦軍の有志艦隊が参戦。一方でザンスカール帝国も最終兵器エンジェル・ハイロゥを起動し、全人類を衰退へと導こうとする。
混迷を極める戦場で、エンジェル・ハイロゥの使命を受け入れたシャクティは、その力でザンスカール戦争を終結させようとする。戦場が昇華していく中、ウッソはクロノクルとカテジナの執念を退け、全ての戦いに終止符を打つ。
戦争終結後、ウッソはシャクティと共に故郷のカサレリアへと帰還し、平和な日常を取り戻すのだった。
