宇宙世紀0081年。一年戦争終結から1年以上が経過していたが、地球に降下したジオン軍残党は世界各地で潜伏し、散発的なゲリラ戦で連邦に対する反抗を続けていた。これに対し、戦後急速に軍縮を進めた連邦軍は局所的な戦力不足に陥り、ジオン残党への対応が後手に回るという失態を犯してしまう。
この局面を打開するため、連邦軍はジオン残党のゲリラ掃討を主任務とする遊撃特務部隊、通称ファントムスイープ隊を結成。隊長にユーグ・クーロ大尉を迎え、地球各地のジオン残党の処理にあたらせる。一方、エリク・ブランケ少佐を隊長とするジオン残党部隊インビジブル・ナイツは、極秘作戦「水天の涙」を実行するため、連邦軍に鹵獲されていたイフリート・ナハトを奪取する。
