戦慄のブルー(せんりつのブルー)
舞台はオデッサ作戦の数日後、ユウ・カジマがMS部隊に配属されてからの話。地球連邦軍にとっての新兵器であるモビルスーツの運用を試験するための小隊(地球連邦軍第11独立機械化混成部隊、通称モルモット隊)に配属になったユウ・カジマは、ある作戦中に蒼い塗装の機体から襲撃される。その機体は、味方であるはずのジムタイプであった。異常なまでの機動力と攻撃力を持つその機体を、何とか撃退することに成功したユウたちモルモット隊であったが、これは、彼らと蒼いモビルスーツとの因縁の始まりに過ぎなかった。先行配備されたジム・コマンドを巧みに操るユウの活躍、そしてフィリップ、サマナの援護により基地に攻め込んできたハイ・ゴックやドム等のジオンのエースを破る等功績をあげエースとして評価されることになる。
蒼を受け継ぐ者(あおをうけつぐもの)
不時着したミデア輸送機の救助要請を受けたモルモット隊は作戦中、ニムバス・シュターゼンの駆る蒼い塗装に赤い両肩の敵MSイフリート改の襲撃を受ける。敵味方関係なく攻撃するその様にユウは衝撃を受けるが辛うじて退けることに成功する。ミデアの中身は因縁の蒼いジムだった。ニムバスを退けたユウの技量を見込んだ技術士官アルフ・カムラは蒼いジムこと「ブルーディスティニー1号機」をユウに託す。ブルーに搭載された高性能OS「EXAMシステム」に疑問と不安を感じつつもユウはブルーを乗りこなし、単独でミサイル基地の強襲等困難な任務を次々とこなしていく。そして、同じくEXAMを搭載するジオンのモビルスーツ「イフリート改」との宿命の対決が訪れる。激闘の末、なんとかイフリート改を撃破したユウだったが、EXAMが搭載されたブルーの頭部を破壊されてしまう。イフリート改の操縦者ニムバス・シュターゼンは「マシンの性能で勝ったことを忘れるな」と言い残し、脱出する。セガサターン版では勝利すると「くっ、所詮は性能差か・・・しかし!」と言って頭部を破壊し逃亡、その後脱出している。
裁かれし者(さばかれしもの)
地球連邦軍のEXAM研究所を襲撃したニムバスは、EXAMの開発者であるクルスト・モーゼス博士を殺害し、ブルーディスティニー2号機を強奪する。それを奪還する任務を与えられたモルモット隊に、残された最後のEXAM搭載機であるブルーディスティニー3号機が配備される。また、サマナやフィリップも機体の損傷により鹵獲したザクⅡ(識別用にジムのシールドを背負っている)やボール等に乗り換えるなど各ステージによって機体が変わっている。物語の舞台は地球から宇宙へと移り、コロニー強襲により研究対象だったマリオンの存在を知る等EXAMを巡る戦いは最終局面を迎える。前作同様階級を引き継いでいると、この時点で昇格し全部プレイ済みの場合少佐にまで昇格する。この作品のみマルチエンディングのためスコアによりモルモット隊の安否も変わる。また、おまけとしてアムロ・レイ(ジャブロー到着までの戦闘データ)と宇宙ステージで戦うことも可能。この際も被弾ダメージによって各キャラのセリフが変わる様になっている。