宇宙世紀0081年。一年戰爭結束後，已經過了一年多的時間，但降下地球的吉翁殘黨仍然在世界各地潛伏，並通過零星的游擊戰繼續對地球聯邦軍進行反抗。面對這一局勢，戰後迅速進行軍縮的聯邦軍因局部地區的兵力不足，陷入了被動，無法有效應對吉翁殘黨的威脅。
為了打破這種僵局，聯邦軍組建了一支以清剿吉翁殘黨游擊隊為主要任務的特別遊擊部隊，俗稱「幻靈肅清隊」（ファントムスイープ隊）。他們任命于格·庫羅大尉（ユーグ・クーロ）為隊長，負責處理地球各地的吉翁殘黨。
另一方面，由艾瑞克·布蘭科少校（エリク・ブランケ）領導的吉翁殘黨部隊「無影騎士團」（インビジブル・ナイツ），為了執行極秘作戰「水天之淚」，成功奪取了此前被聯邦軍繳獲的伊弗利特夜襲型（イフリート・ナハト）。
