宇宙世紀0223年、地球。元地球議会軍のパイロット、マーク・カランは、深海農業研究施設付近でモビルスーツ (MS) 11号に搭乗し作物の収穫を行っていたが、突然落下してきたMS・ブグのパイロット、ティム・ハロウェイ中尉を救出する。同時に落下してきたもう1つの物体が議会軍の反乱分子である可能性があるため、施設は議会軍の管理下に置かれることになる。マークは侵入者を発見するが、その場に居合わせた議会軍指揮官のジャック・ヘイルが発砲し、侵入者2人のうち1人を殺してしまう。
次の日、マークは議会軍主催のパーティーに出席していたが、会場に居合わせたガーノー総督の依頼を受け、パーティーを抜け出して侵入者の1人であるシンシア・グレーブスの事情聴取と事件の解明のため、彼女が収容されている施設へ向かう。シンシアは、地球圏に迫っている食糧問題を解決する鍵となる熱源を持つ生物発光体のサンプルをマークに見せる。しかし、再度ジャックが現れ、発光体を奪取しようと襲撃をかけてくる。マークとシンシアはその場から逃走し、シンシアの仲間とマークの婚約者ミミと合流してシャトルを奪い、サイド4（ニューマンハッタン）へ向かう。
シンシアたちと共にサイド・ガイアへ逃れたマークは、戦死したはずのかつての戦友フィリッペ・サン・シモンを紹介される。フィリッペは戦死に見せかけて身を隠し、イルミナーティの戦闘部隊のリーダーとなっていた。彼はマークに、極秘開発した新型MS「Gセイバー」を紹介し、議会軍と戦うために力を貸してほしいと依頼する。しかし、過去の出来事で軍を自主退役し、戦いから遠ざかっていたマークは答えを渋る。
一方、ガーノー総督はサイド・ガイアに最新鋭の無人MS・モビルウェポンを主力とした大部隊を差し向ける。仲間たちの危機に際し、マークはGセイバーに搭乗し、元上官であるジャック率いる部隊に立ち向かう決意を固める。
