本作的舞台設定在《機動戰士Ζ鋼彈》的結尾到《機動戰士鋼彈ΖΖ》的序盤,即格里普斯戰役末期的宇宙世紀0088年1月25日至同年4月5日。這場事件後來被稱為培曾叛亂。
駐紮在小行星基地培曾的地球聯邦軍教導團中,持有迪坦斯立場的地球至上主義(地球人主義)思想的青年軍官們以「紐迪賽斯」為名發動武裝起義並控制了培曾。他們在夏亞·阿茲納布爾發表達卡爾宣言後,對轉向支持幽谷的地球聯邦政府發起反抗。
面對這一局勢,聯邦政府認識到在與新吉翁衝突前必須迅速統一聯邦軍內部的意見,而紐迪賽斯是實現這一目標的最大障礙,遂決定派遣討伐隊。然而,由於即將與新吉翁開戰,他們無法投入大量兵力,因此派出了以阿卡馬級新造巡洋艦飛馬III號和S鋼彈、FAZZ、Ζ Plus等鋼彈型MS為主的小規模精銳部隊α任務部隊(實際上是希望能通過展示威懾力來使紐迪賽斯失去戰意)進入宇宙。
經過激烈戰鬥後,α任務部隊成功制壓了培曾。然而,作為增援兼討伐隊本隊派遣的布萊恩·艾諾上將率領的X分遣艦隊卻倒戈加入了紐迪賽斯陣營,並且親地球派的月面都市艾亞茲也全城支持紐迪賽斯。戰力對比因此逆轉,戰局陷入了更深的混亂。