時は未来世紀。人々は荒廃した地球を捨てて宇宙に活路を見出し、宇宙コロニーに生活圏の全てを移して過ごすようになっていた。しかし、コロニーに上がれた者と上がれずに地球に取り残された者との格差は広がり、地球の荒廃はより悪化の一途をたどっていた。
コロニー国家間の覇権をかけて行われる機動兵器同士による格闘大会「ガンダムファイト」は未来世紀60年の節目に13回大会を迎え、大会開催と共に各国のコロニーから五つの光が地球に向けて放たれる。それは大会会場となる地球に向かうために降下した各国代表のガンダムファイターたちであった。ネオジャパン代表のガンダムファイターであるドモン・カッシュもまた、その1人として、パートナーのレイン・ミカムラとともに地球に向かう。
しかし彼の真の目的は、祖国ネオジャパンを裏切り、科学者である父ライゾウ博士が開発していたアルティメットガンダム（デビルガンダム）を奪い失跡した実の兄、キョウジ・カッシュを捜しだすことであった。
幾つかのファイトを勝ち進むドモンであったが、その心は荒んでいた。そんな中、デビルガンダムの手掛かりを求めて来た地、東京の新宿にてデビルガンダムとその配下であるデスアーミーと遭遇。そしてかつての師である東方不敗マスター・アジアと再会する。二人は共闘しドモンの心にも一筋の光が灯るが、そこにデビルガンダムによって操られた戦友が現れ、新宿での出来事がマスターアジアの陰謀であったことが判明し、ドモンとの間に亀裂が生じる。そしてシャッフル同盟の介入と4人の救出、後継である新生シャッフル同盟の成立、マスター・アジアの激戦を経た後、ここにネオドイツのガンダムファイターを自称するシュバルツ・ブルーダーが接近。ドモンを導くとともに共闘を図る。そしてシュバルツとの修行の果てに明鏡止水の心を会得したドモンはマスター、デビルガンダムと激突し、これらを退ける。
その後、ガンダムファイトの舞台は決勝戦のネオホンコンに移る。ここでもデビルガンダムにまつわる陰謀が渦巻く中、シャッフル同盟は優勝者を決める決勝バトルロイヤルにて強豪たちを打ち破っていく。そしてドモンはこの戦いの最中にシュバルツの正体が兄キョウジの心を宿した存在である事と、そこでデビルガンダムにまつわる事件がネオジャパン上層部の陰謀によって引き起こされた真相を知る。そしてシュバルツはふたたび蘇ったデビルガンダムを倒すため、これと運命を共にする。さらにドモンは決勝にてマスターとの一騎打ちに望み、ガンダムファイトによる地球の破壊と、それによって絶望したマスターの心を知る。これを喝破し勝利をおさめたドモンは、命が尽き果てていくマスターと和解する。
ガンダムファイトの頂点に君臨したドモンであったが、ネオジャパンの上官であるウルベ大佐の策謀によってデビルガンダムにレインが取り込まれ、ふたたび復活。人類を抹殺すべく活動を再開する。さらにウルベはこれを利用し、ネオジャパンコロニーを吸収した本拠地を形成し、ガンダムファイトの撤廃とネオジャパンの世界支配を宣言する。さらにデビルガンダムの触手によって吸収され、地球は危機に陥る。ここに世界のガンダムファイターが集結し徹底抗戦を開始する。シャッフル同盟の助力もあり、ネオジャパンコロニーに侵入してウルベの操るグランドマスターガンダムを破り、ドモンはデビルガンダムの核に到達する。そこでドモンはレインの本心を知り、また自身も内にあるレインへの心を知る。ドモンが愛を打ち明けるとレインはデビルガンダムの束縛から解放され、二人の手でデビルガンダムを葬り去る。
