惑星Ziに神々の怒りと言われる大規模な地軸変動が起こり、それによってかつて栄えていた高度な文明は壊滅した。それから数千年後。大変動を生き延びた人々は独自の文明を築いていた。相変わらずゾイドは人々にとって無くてはならない存在だったが、その供給は地中や海中からの発掘に依存していた。そうした中、ゾイド発掘を専門として生計を立てる人々が現れるのは当然の流れだった。
ミロード村に住むルージ・ファミロンもそういった人々の一員であり、家族の仕事を手伝って穏やかに暮らしていた。ある日、近海に沈んでいた青いライガータイプのゾイドの発掘を手伝っていたルージは、見たことの無い銀色のゾイド「バイオゾイド」が村を襲撃するのを目撃する。ルージはとっさに青いライガー「ムラサメライガー」に乗り込みバイオゾイドを撃退するが、戦闘で村のジェネレーターが破壊されてしまい、ルージはジェネレーターを修理できる職人を探す旅に出ることになる。
職人を探す旅路の中、ルージはバイオゾイドによる侵略を行う「ディガルド武国」に苦しめられている人々の姿を見たことで、やがてディガルド自体を倒さなければいつまで経っても平和にならず、ジェネレーターの修理もできないと考えるようになる。そして旅で出会った仲間たちとともに「ディガルド討伐軍」を結成し、ディガルドと戦っていく。
戦いの中、バイオゾイドを操縦する機械兵がディガルドに侵略された人々の魂を使用したものだったことが判明する。このことを知ってディガルドから離反した者も加え、ディガルドの国王ジーンを倒すべく「ジーン討伐軍」と名を変えた討伐軍は、自由の丘でジーンとの決戦に臨む。ジーンの駆るバイオティラノの圧倒的な力の前に次々と仲間が倒れていく中、ムラサメライガーも戦闘不能となるが、ルージの強い願いに応えてムラサメライガーの真の力である驚異的な再生能力が発動して復活し、バイオティラノを倒して戦いを終結させる。
戦いの後、ムラサメライガーがミロード村のジェネレーターに接続され、再起動しているシーンで物語は幕を閉じる。
