ブラックリベリオンから一年たった日本。「黒の騎士団」の団員たちは捕縛され、ゼロは処刑されたことになっていた。
ルルーシュ・ランペルージは弟のロロ・ランペルージと平和な学生生活を送っていたが、賭けチェスで訪れたバベルタワーで、黒の騎士団の残党に襲撃され、C.C.（シーツー）と再会、自分がゼロであることを思い出す。神根島でスザクに拘束されたルルーシュは、皇帝シャルル・ジ・ブリタニアのギアスでナナリーやギアスの記憶を改ざんされ、偽りの弟ロロと暮らしていたのだった。
記憶を取り戻したルルーシュはゼロとして復活し、中華連邦総領事館から「合衆国日本」の建国と、打倒ブリタニアを再び宣言し、囚われていた黒の騎士団のメンバーたちを救い出す。スザクは皇帝直属部隊ナイトオブラウンズに任命され、復学。ナナリーはエリア11新総督として来日し、再び「行政特区日本」の設立を呼び掛ける。ゼロと黒の騎士団は中華連邦に亡命、武官黎星刻と協力し国内の政情不安を平定。さらにV.V.（ヴイツー）率いるギアス嚮団を殲滅する。
ゼロと黒の騎士団は各国と連携して「超合集国」を設立。決議に基づき、黒の騎士団は「第二次東京決戦」に突入するが、スザクが放った大量破壊兵器・フレイヤでトウキョウ租界は壊滅状態となる。ブリタニア第二皇子シュナイゼルは黒の騎士団に休戦を申し込むとともにゼロの正体とギアスの秘密を伝え、これによりルルーシュは弾劾され失脚。ロロの命と引き換えにルルーシュは辛くも脱出する。
その後、単身シャルルと決着をつけるべく思考エレベーターに赴き、亡くなった母・マリアンヌと邂逅。シャルルとマリアンヌは世界を作り替える「ラグナレクの接続」計画を遂行しようとしたが、ルルーシュは「それでも明日が欲しい」と集合無意識にギアスをかけ、二人を消滅させる。
1か月後、ブリタニアにスザクを連れたルルーシュが現れ、皇族・貴族たちにギアスをかけて皇帝即位を宣言、スザクをナイトオブゼロに任命する。シュナイゼル率いるブリタニア帝国残党軍や黒の騎士団との激しい戦いを征したルルーシュは、世界を統べる独裁者となって君臨することになる。
それから2か月後、日本で行われたルルーシュのパレードに「ゼロ」が現れ、ルルーシュを刺殺する。それは世界の憎しみを集めたルルーシュが、ゼロに成り代わったスザクに殺される計画「ゼロレクイエム」だった。人々は独裁者の死に歓喜し、世界に平和が訪れた。
