皇暦2010年8月10日 、世界唯一の超大国神聖ブリタニア帝国は日本と地下資源サクラダイトを巡って対立し宣戦布告、日本に侵攻した。日本は占領され、ブリタニアによって「エリア11」と呼称される。日本人は「イレヴン」と蔑まれ、自由を奪われブリタニアの総督により支配された。ブリタニアは「ナイトメアフレーム」と呼ばれる人型兵器により世界の3分の1を支配下に収めた。
日本侵攻から7年後、日本に住むブリタニア人の少年・ルルーシュ・ランペルージは、謎の少女C.C.（シーツー）から、他人に自分の命令を強制出来る絶対遵守の力「ギアス」を授けられる。ルルーシュは暗殺された母親の仇をとり、妹のナナリーが安心して暮らせる場所を作るため、仮面で素顔を隠して「ゼロ」と名乗り、レジスタンス組織「黒の騎士団」を結成、ブリタニア帝国に対して戦いを挑む。
ルルーシュの前に立ちはだかるのは、皇女コーネリア率いるブリタニア軍、そして最新鋭のナイトメアフレーム『ランスロット』を駆る幼馴染の枢木スザクだった。黒の騎士団は、ルルーシュの知略とギアスの力、日本の反帝国ゲリラやその支援者たちの協力を得て、次第にその勢力を拡大させていく。
コーネリアの妹ユーフェミアはスザクを選任騎士に任命し、富士エリア一帯に「行政特区日本」を設立することを宣言、ゼロに和解を呼びかける。開設記念式典の日、ルルーシュはユーフェミアとの密談で協力に応じるも、ギアスの暴走でユーフェミアは日本人の大量虐殺を始める。ルルーシュはやむなくユーフェミアを討ち、「合衆国日本」の設立を宣言。
各地で決起した暴徒と黒の騎士団を率いたゼロは、トウキョウ租界に進軍する「ブラックリベリオン」を引き起こす。しかし謎の少年V.V.（ヴイツー）がナナリーを連れ去る。ルルーシュはナナリーを探して神根島に向かい、指揮官を失った黒の騎士団は総崩れとなる。ルルーシュは神根島の遺跡で、後を追ってきたスザクに素顔とギアスの秘密を暴かれる。ルルーシュはナナリーを探すため共闘を呼び掛けるが、スザクはこれを拒否。逆上した二人は、お互いに銃口を向け撃ち合う。
