この物語は、ジオンからの亡命兵で構成された「アグレッサー部隊」を中心に展開します。アグレッサー部隊に所属するチェイス・スカルガード伍長は、ジオン軍との戦闘の最中、撃墜された技術部隊の輸送機を発見します。輸送機には試作機「レッドライダー」が搭載されており、チェイスは正規パイロットが死亡していたため、その機体を任され、ジオン軍を撃退することに成功します。この結果、チェイスはレッドライダーの暫定パイロットとなり、ジャブロー移送の任務に従事します。
移送中、民間人を盾にしたジオン部隊との市街戦が展開されますが、チェイスは技術部隊のサノやエルザ、戦車中隊とともにこれを撃退します。その後、レッドライダーの開発元「グレイブ・ファントム」から調査団が派遣され、レッドライダーのテストパイロットが子供たちを使い捨てにしていた事実が明らかになります。アグレッサー部隊はこれに反発し、ジオンの奇襲に見せかけてグレイブ・ファントムと衝突します。
ジオンのジャブロー侵攻が開始され、チェイスはジオン時代の同僚であるマクシミリアン率いるグリフォン隊と対峙します。整備不良のレッドライダーで戦闘を行い、グリフォン隊を撃退しますが、ジオンの目的はジャブロー侵攻ではなく、スパイを潜入させることでした。スパイであるマクシミリアンの娘、ミリア・シェルはチェイスが書き残した亡命の真実を知り、葛藤しながらも、ジャブロー内で核爆発を起こす「コウノトリ作戦」を実行しますが、ハイウェイの捨て身の防衛により作戦は失敗します。
その後、アグレッサー部隊は連邦軍に認められ、レッドライダーを正式装備として第23独立艦隊に編入され、ソロモン攻略戦に参加するため宇宙へ向かいます。一方、ダイアン・ノイスはマクシミリアンの死を受け入れ、プロジェクト「トゥーム・ストーン」の真実を探るため、ザンジバル級艦アナスタシアで宇宙へ向かいます。
アナスタシアは第23独立艦隊と交戦し、ノイスの手腕によって大損害を与えられますが、サノ・カオリの指揮によってアナスタシアを撤退に追い込みます。その後、暗礁宙域でジオンのスナイパー部隊に襲撃されるも、チェイスの奮戦によりこれを退けます。
ノイスは「トゥーム・ストーン」の真実を探るため、ジオン親衛隊のサイラス少佐の艦に移乗しますが、サイラスはノイスを暗殺しようとします。ノイスはこれを返り討ちにし、反乱者の汚名を着せられてジオンからの脱走者となります。
