由吉翁（ジオン）亡命士兵組成的「侵略者部隊」（アグレッサー部隊）負責在吉翁領地附近的區域執行任務。該部隊中的下士官切斯·斯卡爾加德（チェイス・スカルガード），在巡邏時發現了由佐野香織（サノ・カオリ）率領的技術部隊的運輸機，該運輸機已被吉翁軍擊落。切斯在與吉翁軍的戰鬥中，駕駛著運輸機上所載的試作機「紅色騎士」（レッドライダー），並成功擊退了敵軍。由於原正規駕駛員在襲擊中陣亡，紅色騎士暫時交由切斯操作，直至被移送到賈布羅（ジャブロー）。
在移送過程中，切斯與使用平民作為盾牌的黛安·諾伊斯（ダイアン・ノイス）所率領的吉翁部隊展開市街戰。在佐野和技術部隊成員艾爾莎（エルザ）以及切斯的恩師海威（ハイウェイ）和羅斯頓的戰車中隊的支援下，他們成功擊退了敵軍。
不久後，聯邦軍派出了紅色騎士的開發團隊「墳墓幽靈」（グレイブ・ファントム）進行調查。佐野和艾爾莎秘密保護著紅色騎士的測試駕駛員，該駕駛員是由非法徵集的兒童，並通過藥物強化後作為消耗品使用。為了保護這些孩子，侵略者部隊與「墳墓幽靈」發生衝突，並以偽裝成吉翁奇襲的方式將其驅逐。
隨後，吉翁軍發起了對賈布羅的全面侵攻行動，切斯在吉翁軍時期的同僚馬克西米連（マクシミリアン）率領的獅鷲隊（グリフォン隊）也參與其中。儘管切斯的紅色騎士因維修不良，但他仍成功擊退了獅鷲隊。然而，獅鷲隊的真正目的並非直接進攻賈布羅，而是將間諜混入撤退的聯邦士兵中，以獲取賈布羅內部的地圖數據。
馬克西米連的女兒米莉亞·謝爾（ミリア・シェル）作為間諜潛入賈布羅，她在那裡發現了切斯所記錄的真相，揭示了他們背叛吉翁的真正原因。儘管她在內心掙扎，但仍然按照任務準備在賈布羅內引爆核彈。然而，海威以犧牲自己阻止了她的行動。
為了拯救養父馬克西米連，黛安·諾伊斯駕駛德姆特羅彭（ドム・トローペン）參加了賈布羅的降下作戰，然而她被紅色騎士擊敗，並親眼目睹了馬克西米連的死亡。
侵略者部隊在賈布羅的戰績得到了聯邦軍總部的認可，與技術部隊合流，並正式獲得紅色騎士作為主力裝備。他們被編入第23獨立艦隊，成為繼第13獨立艦隊（由白色基地（ホワイトベース）組成）之後的第三次誘餌部隊，目標是經由Side 2參加對所羅門的攻略戰，吸引來自格拉納達的援軍。
另一方面，失去馬克西米連的黛安·諾伊斯陷入了深深的悲痛中，但她從養父的遺言中得知了一個名為「墓碑計畫」（プロジェクト「トゥーム・ストーン」）的神秘項目。該計畫由親衛隊內部策劃，連黛安自己也不知情。為了調查真相，黛安決定前往宇宙。
一艘名為阿納斯塔西亞（アナスタシア）的贊吉巴爾級（ザンジバル）艦艇，載著由聯邦軍高層集結的文化遺產，正準備從地球升空，艦長是雅羅斯拉夫（ヤロスラフ）中校。諾伊斯搭乘該艦前往宇宙。不久之後，第23獨立艦隊奉命追擊阿納斯塔西亞，雙方進入交戰狀態。第23獨立艦隊因指揮官無能、陷入雅羅斯拉夫的策略圈套，以及諾伊斯駕駛德瓦吉（ドワッジ）成功分散紅色騎士的戰力，導致損失慘重。最終，在佐野香織接替指揮後，利用駱駝艦隊（キャメル艦隊）的殘骸對阿納斯塔西亞造成損傷，迫使對方撤退，勉強避免了全軍覆沒。
大受損傷的第23獨立艦隊被迫撤退並前往Side 2補給。在途中進入了暗礁宙域，遭遇了親衛隊賽拉斯少校（サイラス）派遣的狙擊手泰塔斯中尉（タイタス）。該艦隊再次遭受重創，最終在佐野香織的指揮與切斯的奮戰下，成功擊敗了泰塔斯。至此，聯邦軍士官們終於認可了佐野香織與侵略者部隊的實力。
同時，為了深入調查「墓碑計畫」，諾伊斯從阿納斯塔西亞轉移到由賽拉斯少校率領的姆塞（ムサイ）艦艇上。當諾伊斯暗示要將「墓碑計畫」的情況告訴基西莉亞（キシリア）時，賽拉斯試圖暗殺她，然而未遂。諾伊斯反殺了刺客，但被賽拉斯栽贓成叛徒。如今，與當年切斯的命運相似，諾伊斯成為了吉翁的叛逃者。
