本作は旧シリーズ第2作のリメイクではなく、第1シリーズの続編として制作された作品である。舞台は前作から数十年後の2002年となり、物語の主人公は、かつての主人公・金田正太郎の息子である正人が務める。少年探偵団としての新たな戦いが描かれ、中年となった正太郎も、正人たちを導く上司という立場で登場し、旧式となった初代鉄人28号も再び活躍する場面がある。
物語の前半では、正人を中心とする5人の少年探偵団が所属する金田探偵事務所と、ゾーン総統が率いるネオ・ブラック団との戦いが展開される。後半では、正太郎がインターポールの長官に就任したことをきっかけに探偵事務所は解散。正人たちはインターポールの捜査官として再編成される。
その後は、長官直属の特別チームとして活動する正人、三郎、双葉を中心に、毎回異なる事件に挑む一話完結型の冒険活劇へと物語のスタイルが変化していく（なお、元一と詩織は海外支部に異動）。
