若神丸が日本で最後の試練に挑んでいたその頃、武者頑駄無の歴史を揺るがす新たな命が誕生していた。その名は破牙丸――最大の敵として創られた、破異武立闘のプリンス「破牙魔R-01」である。
しかし、誕生直後に偶然出会った少年・マサキに、大切な記憶が詰まった種をうっかり食べられてしまい、本来の使命を忘れてしまう。迎えに来た破異武立闘の者たちには叛乱分子とみなされ、削除の危機にさらされる。そして、不運にも若神丸の配下である若武者・武侍丸に捕まり、マサキと共に武者頑駄無たちの故郷「天宮」へと連れて行かれてしまう。
初めて足を踏み入れた天宮は、すでに破異武立闘軍団によって侵攻され、混乱と戦火に包まれた地となっていた。破牙丸は、破異武立闘にも、武者頑駄無にも追われる身となりながらも、唯一覚えていた「大将軍を倒す」という目標を胸に、マサキとともに旅を続けていく。
その旅の途中で、様々な武者たちと出会い、彼らが持つ熱き武者魂に触れていく破牙丸。果たして彼の旅の結末はどうなるのか？ そして、破異武立闘軍団という強大な敵に対し、正義の武者頑駄無軍団は勝利を収めることができるのか――。
