本作是跳過2部作，銜接初代鐵人28號的故事發展。
故事舞台發生於2002年，昔日鐵人28的操縱者、少年偵探金田正太郎，如今已成為45歲的私家偵探，並與大資本家的女兒、任職科學家的妻子陽子結婚，誕下兒子「金田正人」。
而作品的前半部，主要講述金田正人等五名少年，作為金田偵探事務所成員，與鐵人28FX一同打擊犯罪集團「ネオ・ブラック団」的野心，後半部由金田正太郎解散偵探事務所、就任インターポール長官開始，正人等五人分別擔當搜查官，到各地執行任務。