物語の舞台は、最先端の技術が集結する未来都市「TOKYOシティ」。この近未来社会では、従来の常識を超えた殺人事件、テロ行為、そして電脳犯罪が頻発し、警察の対応能力が限界に達していた。
警視庁の醍醐正尚は、かねてより構想していた「メタルプロジェクト」に適した人材を探し続けていた。そんなある日、世界的企業である「財前コンツェルン」のパーティー会場に、犯罪組織「イド」が怪ロボット軍団・クライムモビルを送り込み、財閥の御曹司・財前純を襲撃する事件が発生。
この危機の中、財前を救おうとして重傷を負った3人の男――警視庁の刑事・神崎ケン、F1レーサー・アグリ亮、そしてプロレスラー・豪田剛。その行動力と勇気に心を打たれた醍醐は、彼らを瀕死の状態からサイボーグとして蘇生させ、「機甲警察メタルジャック」として新たな使命を託す。
こうして誕生したメタルジャックは、次々と起こる凶悪犯罪に立ち向かっていく。しかしその背後には、常に謎めいた存在「イド」の影が潜んでいた――。
