2009年、東京お台場。少年イレイ・ハルは父親に連れられ、潮風公園に建てられた「実物大ガンダム立像」を訪れる。そこで、テレビや漫画で見たことのない謎のガンプラ「ビギニングガンダム」を手に入れる。当時、製作したガンプラを専用シミュレーションマシンでCG空間に再現し、操縦して戦うゲーム「ガンプラバトル」が流行していた。ハルは親友のサカザキ・ケンタに誘われ、自ら組み立てたビギニングでガンプラバトルに挑むことになる。
初戦では、ビギニングの希少さに目をつけた挑戦者コウジ・マツモトとその取り巻きの女性たちと対戦する。ガンプラ初心者のハルは苦戦するも、勝利を収める。しかしその直後、「ガンプラマイスター」の称号を持つボリス・シャウアーに挑まれ、彼の「フォーエバーガンダム」に完敗する。敗北を経験したハルは、シャウアーの技術と批評を受け止め、ケンタや女友達ノヤマ・リナのサポートを得てビギニングを丁寧に組み直す。次の戦いでは、模型店店長の知人であるタツ・シマノに勝利を収め、自信を深めていく。
その後、ハルはビギニングを改造・強化するための新パーツを入手し、技術を駆使して「ビギニング30ガンダム」に仕上げる。そしてケンタ、リナとチームを組み、全国の参加者が集う「ガンプラ選手権」に参加。多種多様なガンプラが戦う中、ハルは再びシャウアーのフォーエバーガンダムと相まみえ、激しいバトルを繰り広げる。
物語の1年後、2010年。静岡ホビーフェアで新たに移設された実物大ガンダム立像を訪れたハルは、ガンプラ初心者の子供たちに希望を与える「ガンプラマイスター」として成長していた。最後には、謎のガンプラ「ビギニング」の出自にハルの父親が関与していたことが示唆され、その名前に込められた「新たな始まり」の意味が明かされる。物語はここで幕を閉じる。
