遺伝子調整され優れた能力を持った人間『コーディネイター』と、そうでない人間『ナチュラル』との間で戦争が起こり、すでに11ヶ月が経過した。激化する戦争でメカの需要は供給を上回り、リサイクルの重要性が上がったことで『ジャンク屋組合』の規模は拡大。そして両陣営は、使い捨てや危険な任務のための傭兵を必要とし、傭兵部隊は数を増やしていった。
中立コロニーヘリオポリス。そこでは地球連合のMSが極秘開発されていたが、それを知ったザフトは5機の内4機を奪取。その際の戦闘によってコロニーは崩壊した。そして数時間後、掘り出し物を求めてコロニーへとやって来たジャンク屋組合のロウとそのメンバー達は、赤と青のMS、そして金色の腕を発見した。思わぬ発見に歓喜するのも束の間、そこにMSの目撃者の抹殺を依頼された傭兵部隊「サーペントテール」の叢雲劾が現れた。プロの傭兵を前に為す術もない状況に追い込まれるも、依頼者の裏切りを知った劾は青いMSを使い、ロウと協力してその場を脱出する。
こうして、ロウの赤いMS「アストレイ レッドフレーム」、劾の青いMS「アストレイ ブルーフレーム」、そして金色のMS「アストレイ ゴールドフレーム」の3体のMSによる物語が始まった。
