第1巻（戦うボーイ・ミーツ・ガール）
対テロ極秘傭兵組織ミスリルの若きエージェント相良宗介は、特殊な力を持つ女子高生・千鳥かなめの護衛任務のため都立陣代高校に潜入する。しかし修学旅行先で、敵対組織アマルガムのガウルンによりハイジャック事件が発生。宗介は最新兵器アーム・スレイブ「アーバレスト」と共に孤軍奮闘する。
第2巻（疾るワン・ナイト・スタンド）
ハイジャック事件の約2か月後。新たなテロ事件が東京で勃発し、かなめとテレサがテロ組織『A21』に捕まってしまう。宗介は再びアーバレストを駆り、東京を舞台に巨大兵器「ベヘモス」との激闘に挑む。
第3巻（揺れるイントゥ・ザ・ブルー）
潜水艦トゥアハー・デ・ダナンの記念パーティで再び現れたガウルンによって艦が占拠される。AIダーナを奪われ窮地に陥ったが、千鳥かなめと宗介の活躍により制御奪還に成功し、辛くも危機を回避する。
第4巻 - 第5巻（終わるデイ・バイ・デイ上・下）
宗介は突然護衛任務を解除され、かなめの元を去ることになる。二人の間に亀裂が生まれる中、孤立したかなめに刺客が迫り、任務に迷いを抱えた宗介もまた戦場で窮地に陥ってしまう。
第6巻（踊るベリー・メリー・クリスマス）〜 第7巻（つづくオン・マイ・オウン）
宗介はかなめを絶対に守り抜くと誓うが、ついにミスリルは敵の攻撃で壊滅状態に。宗介とかなめが暮らした街も巻き込まれ、二人は孤立無援の状況に陥る。
第8巻（燃えるワン・マン・フォース）〜 第9巻（つどうメイク・マイ・デイ）
宗介は拉致されたかなめを取り戻すため、すべてを失いながらも東南アジアの街ナムサクで再起を図る。闇バトルを経て新たな戦力を得た宗介は、再び立ち上がりアマルガムとの決戦に挑む。
第10巻（せまるニック・オブ・タイム）〜 第12巻（ずっとスタンド・バイ・ミー上・下）
世界の滅亡を企む敵組織アマルガムとの全面対決に向け、宗介とミスリル残存部隊は集結する。彼らは最終決戦仕様の機体「レーバテイン」と共に、全面核戦争を阻止するため決戦の地メリダ島へ向かう。
