地球連邦軍の新米士官であるシロー・アマダ少尉は、東南アジア戦線の第08MS小隊長として配属されることになったが、地球へ向かうシャトルの窓から、ジオン公国軍のMS小隊と交戦して危機に陥る先行量産型ジムを発見する。シャトルに積載されていた先行試作型ボールで緊急出撃したシローは敵機を行動不能にするも、ジオン軍パイロットともども遭難してしまう。そのパイロット、アイナ・サハリンと生還のために一時協力して危機を脱したシローは、アイナとお互いの名前を名乗りあって別れる。
配属された東南アジア戦線では、シローよりも古参のベテラン兵が数多く待ち受けていた。第08小隊の隊長となったシローは「自分が隊長である限り、誰も死なせない」と理想主義丸出しの訓示を行い、宇宙でシローに助けられたテリー・サンダース軍曹以外の部下から失笑を買う。しかし、その実直な態度や行動力は次第に周囲に認められていき、現地ゲリラの少女であるキキ・ロジータとの出会いをきっかけに、彼女らとの共闘体制を築くことにも成功する。
そんな中、ジオン軍がジャブロー攻略用に開発中の試作兵器「アプサラス」の存在が明らかとなり、交戦した08小隊とシローは苦戦しながらも同機を戦闘不能に追い込む。その時、アプサラスのパイロットがアイナであると知ったシローは、戦闘の最中にもかかわらず彼女に「好きだ!」と呼びかける。ヒマラヤ山中に機体が墜落したことでまたも遭難した2人は愛を告白し合い、連邦もジオンも関係なく同じ人間として分かりあえるという理想を共有する。
しかし、そんなシローの思いを理解できない連邦軍上層部は彼にスパイ容疑をかけ、08小隊を敵の本陣である鉱山基地ラサの攻略戦送りにしてしまう。一方、アイナの兄でアプサラスの開発者であるギニアスも、連邦との和解を訴えるアイナに疑念と憎悪を募らせる。そして、アプサラスIII完成という妄執に取り憑かれたギニアスが関係者全員を謀殺し、完成した同機で出撃したことによって、事態はラサを包囲する連邦軍との睨み合いに発展してしまう。シローはアイナを助けるために連邦軍を抜ける覚悟を決め、単独でガンダムEz8を駆ってアプサラスIIIに立ち向かう。
