戦略的価値が低いとされるアジア大陸中央部では、傭兵部隊「サーペントテール」が地域の安定化を目指す地球連合に雇われ、ザフト軍、そして地域防衛を掲げるゲリラ勢力との三つ巴の戦いを繰り広げていた。
戦いの転機
ザフト側には、民間軍事会社から派遣された指揮官レオンズが着任。彼はゲリラを利用して連合を罠にはめるが、傭兵の劾は新機体「ブルーフレームサード」の性能を駆使してその窮地を打破する。これまで戦闘の拡大を避けていた劾だったが、ブルーフレームを目撃されたことでザフトからの増援が予想された。これに対抗するため、協力企業フジヤマ社からルカスとジストが連合に派遣される。
彼らは道中でザフト部隊を壊滅させ、それを目撃したゲリラのトロヤは、第4のアストレイ「グリーンフレーム」に搭乗して連合基地に乗り込み、傭兵の存在が戦いを激化させているとして解雇を要求。トロヤと劾の戦いが始まる。序盤こそグリーンフレームの高性能OSにより優勢だったトロヤだが、最終的には劾の技量の前に敗れ、拘束される。
バリーの死
同時期、ゲリラの本拠地が壊滅。その襲撃を行っていたのは、恐れられる傭兵スーだった。トロヤの師バリーが作業用MSで応戦するも、スーに格闘術を模倣され、ついには命を落とす。
スーはそのまま連合基地も奇襲。ルカスとジストが応戦するが、彼の強さにルカスは興味を抱き、意図的にスーを逃がす。一方、拘束を解かれたトロヤはバリーの「戦いには決意と責任が必要だ」という言葉を思い出し、自分にその覚悟が欠けていたことを悟る。亡骸を埋葬し、村を守るため、ザフトとの和解を決意する。
第四軍の結成
レオンズは戸惑いながらも、トロヤの和解提案が契機となり、ザフトと連合の間でも協議が進展する。しかし、交渉の場に向かう途中でスーが再びルカスたちを襲撃。ルカスはそれを口実にザフトを攻撃し、交渉は決裂。加えて、連合基地に搬入されていた新型MS「ライゴウ」がスーによって奪取される。ルカスは連合を裏切り、スーと手を組んで「第四軍」を結成。アジアの戦局はさらに混迷を深める。
ルカスは初めから裏切りを企てており、脱走兵を集めて戦力を構築済みだった。第四軍はザフト基地を一つ占領し、連合基地やゲリラ村の襲撃も懸念され、各陣営は共闘して第四軍に立ち向かうことを決断する。
最終決戦：トロヤとスー、劾とルカス
予想通り、第四軍はゲリラの村へ進軍。トロヤの前に現れたのは、師バリーを殺したスー。激しい戦闘の中、トロヤは武器を破壊され窮地に立たされるが、バリーから教わった格闘術をMSで再現し、逆転勝利を収める。
一方、村を落とせなかったルカスはザフト基地に撤退するが、かつての情報を熟知するレオンズの破壊工作と、劾の圧倒的な力によって基地は壊滅していた。追い詰められたルカスは劾に最後の戦いを挑む。
「なぜ他人のために戦うのか？」というルカスの問いに、劾は「傭兵とは力なき者の剣である」と答え、ブルーフレームの一撃でライゴウのコックピットを貫く。
戦いは終わり、ザフトと連合の駐留は続くものの、無益な衝突はなくなり、ゲリラの村には平和が戻った。任務を終えた劾たちサーペントテールは静かにその地を去っていった。
