ジャンク屋ロウ・ギュールの元に、突如として2機のモビルスーツが出現する。そのうちの一機、ゲイルストライクには正体不明の人物ND-HEが搭乗し、もう一機のレッドフレームには、かつて亡くなったはずのロウの剣術の師、蘊・奥が乗っていた。命を狙われるロウのもとには、傭兵部隊サーペントテールの叢雲劾も駆けつけ、激しい戦闘が繰り広げられる。
同じ頃、宇宙ステーション「アメノミハシラ」では、世界を見守るロンド・ミナ・サハクの前に、やはり死んだはずの弟ロンド・ギナ・サハクが現れる。ギナは生前と変わらず、世界支配を目論む思想を抱いており、ミナは彼と対峙することを決意する。
地上では、サーペントテールのイライジャ・キールの前に、過去に命を落としたはずの親友グゥド・ヴェイアが姿を現し、こちらも戦いへと突入する。
これらの事件の背後にあるのは、「ライブラリアン」と名乗る謎の組織。彼らを率いるのは最高書記官プレアであり、死亡した人物を「カーボンヒューマン」として蘇らせる高度な技術と、「一族」のデータを引き継ぎ、世界を制御しうる力を有している。彼らの真の目的とは一体何なのか――物語は新たな局面を迎える。
