ムゲ・ゾルバドス帝国やディラドとの戦いから200年後、22世紀の地球。人類は復興を遂げ、再び文明的な暮らしを取り戻していた。しかし、日本は経済破綻し、少子化の影響で15歳で成人と見なされるようになるなど、大きな変化を余儀なくされていた。
限られた都市部では平和が謳歌され、世界大戦は起きていないものの、地域紛争が絶えず続いていた。そんな各地の戦場に現れ、負けている側に味方して強者を攻撃し、戦局を互角にしては去ってゆく巨大スーパーロボット「ダンクーガ」の存在が噂されるようになっていた。
そんなある日、互いに全く面識のない4人の若い男女が、謎の巨大基地「ドラゴンズハイブ」に、半ば拉致に近い形で集められる。4人は基地内で目を覚ますまでの間に、巨大ロボット「ダンクーガノヴァ」と、それを構成する4機のメカニック「ヴァリアブル・ビースト・マシン」の操縦法を、睡眠学習により擦り込まれていた。
パイロットに選ばれてしまった4人は戸惑いながらも、次第に戦いへと身を投じていく。
