ザ・ブーム軍に対抗するため、3万光年彼方にあるシェーマ星系・ラドリオ星から地球へとやって来たロミナ姫とエルシャンクの人々。彼らの目的は、ラドリオ星に伝わる伝説の戦士「忍者」を探し出すことだった。
火星で出会ったジョウたち3人が仲間に加わることに反発したイルボラ・サロは、エルシャンクを離れ、ザ・ブーム軍に寝返ってしまう。
ザ・ブーム軍の兵器に対抗するため、エルシャンクには陸戦に強い「黒獅子」、空中戦で真価を発揮する「鳳雷鷹」、水中戦を得意とする「爆竜」の3機の人型ロボット兵器が存在し、それぞれジョウ、レニー、マイクが搭乗者に選ばれる。
そして、それら3機のうちいずれかがピンチに陥ると、謎の忍者ロボット「飛影」が現れ、「獣魔黒獅子」「空魔鳳雷鷹」「海魔爆竜」へと変形合体し、ザ・ブーム軍を次々と撃破していく。
しかし、味方であるはずの地球側もまた、火星開拓基地の代表ハザード・パシャが、火星へ左遷された怨恨と野心のために陰謀を巡らし、エルシャンク一行を執拗に追い詰める。
外からはザ・ブーム軍とイルボラ、内からはハザードが迫る前門の虎、後門の狼の状況下で、エルシャンク一行は伝説の忍者の手掛かりを求めて彷徨う。
果たして、ジョウ、レニー、マイクの誰かが「忍者」なのだろうか？
